Affiniteitschromatografie is een methode die in de scheikunde wordt toegepast om stoffen te scheiden.
Affiniteitschromatografie wordt gebruikt voor het isoleren van een enkele verbinding uit een complex mengsel. Complexe mengsels zijn bijvoorbeeld bloed, urine en andere lichaamsvloeistoffen[1].
De techniek is gebaseerd op specifieke covalente binding van een component aan de stationaire fase. Wanneer een monster door de kolom wordt geleid, wordt slechts een component gebonden. Wanneer de rest van de monster matrix van de kolom is afgespoeld wordt de gebonden component van de kolom gespoeld door de kolomcondities te veranderen zoals pH of ion sterkte om zo de covalente verbinding, van de component met de stationaire fase, te verbreken.
Affiniteitschromatografie is goed toepasbaar in biochemie en is gebaseerd op specifieke interacties tussen enzymen en substraten, antistoffen en antigenen of receptoren en hormonen.