Kystjegerkommandoen (KJK) vart etablert på Trondenes leir utanfor Harstad 10. desember 2001. KJK er ei høgt prioritert avdeling, spesielt når det gjeld utstyr og trening. Avdelinga er spesielt eigna for å nedkjempe hurtig oppdukkande og asymmetriske trugsmål på sjø og land i kystsona. Kystjegerpatruljane er sjømobile med Stridsbåt 90N eller med gummibåt. Hovudvåpenet er HELLFIRE-missilet. Kystjegerkommandoen vidareførar nokre av tradisjonane frå Kystartilleriet og skal vere fullt operativ i 2005.