Mikrofotografie jsou obecně snímky obrazů mikroskopických a submikroskopických objektů, zprostředkovaných zvětšovacími zařízeními, nejčastěji nejrůznějšími typy mikroskopů. Rozmanité mikrofotografické techniky nalézají v současnosti široké uplatnění zejména v přírodních vědách, ať už v geologii při analýze mikroskopické stavby hornin, nebo v organismální biologii při studiu povrchových i vnitřních struktur jednobuněčných mikroorganismů i buněk jako součástí tkání.
Pro nevšednost, estetickou působivost a především takřka nekonečnou rozmanitost mikrosvěta je mikrofotografie též objektem zájmu výtvarně zaměřených fotografů.
