Als Theologe forderte Adel Theodor Khoury besonders die Verständigung zwischen Christentum und Islam. Er schrieb beachtliche Studien über den Islam und die Charakteristika dieser Religion. Eine der bedeutendsten deutschen Übersetzungen des Korans stammt von ihm. Der Übersetzer legte besonderen Wert darauf, in Zweifelsfällen der üblichen Auslegung des islamischen „Mainstream“ zu folgen. Dadurch findet der Leser in diesem Text nicht das Koranverständnis einer religiösen Minderheit, sondern das der großen Mehrheit der Muslime. Der Iran hat seine Koranübersetzung 2009 als „Buch des Jahres“ in der Kategorie „Islamische Studien“ ausgezeichnet.[4]
1966 Manuel II. Paléologue. Entretiens avec un Musulman, Introduction, texte critique, traduction et notes, Editions du Cerf, Paris
1978 Einführung in die Grundlagen des Islams, Verlag Styria, Graz/Wien/Köln, ISBN 3-222-11126-X
1983 Un modèle d'État islamique: l’Arabie Saoudite (= Tendances et courants de l’Islam arabe contemporain, Bd. 2). Chr. Kaiser, München / Grünewald, Mainz, ISBN 3-459-01524-1 und ISBN 3-7867-1060-0.
1980 Toleranz im Islam, Grünewald, München/Mainz, ISBN 3-459-01250-1 / 9783459012503 / 3-459-01250-1
1991 Was sagt der Koran zum Heiligen Krieg, Gütersloher Verlagshaus, Gütersloh, ISBN 3-579-00789-0, 2. überarbeitete und erweiterte Auflage 2007, ISBN 3-579-06485-1
1993 Hrsg.: Das Ethos der Weltreligionen, Herder, Freiburg im Breisgau/Basel/Wien, ISBN 3-451-04166-9
1994 Christen unterm Halbmond: religiöse Minderheiten unter der Herrschaft des Islam, Herder, Freiburg im Breisgau/Basel/Wien, ISBN 3-451-22851-3
1995–2001 Hrsg.: Kleine Bibliothek der Religionen, 10 Bde., Herder, Freiburg im Breisgau/Basel/Wien
1997, zusammen mit Ludwig Hagemann: Dürfen Muslime auf Dauer in einem nicht-islamischen Land leben? Zu einer Dimension der Integration muslimischer Mitbürger in eine nicht-islamische Gesellschaftsordnung; Würzburg: Echter Verlag, ISBN 3-429-01901-X; Oros Verlag, Altenberge, ISBN 3-89375-144-0
2000, zusammen mit Peter Heine und Janbernd Oebbecke: Handbuch Recht und Kultur des Islams in der deutschen Gesellschaft: Probleme im Alltag – Hintergründe – Antworten, Gütersloher Verlags-Haus, Gütersloh, ISBN 3-579-02663-1
2001 Der Islam und die westliche Welt: religiöse und politische Grundfragen, WBG bzw. Primus, Darmstadt, ISBN 3-89678-437-4
2001 Einleitung in: Günter Kettermann: Atlas zur Geschichte des Islam, Wissenschaftliche Buchgesellschaft, Darmstadt
2002 Mit Muslimen in Frieden leben: Friedenspotentiale des Islam, Echter, Würzburg, ISBN 3-429-02455-2
2003 Hrsg.: Krieg und Gewalt in den Weltreligionen: Fakten und Hintergründe, Herder, Freiburg im Breisgau/Basel/Wien, ISBN 3-451-28245-3
2004 Übersetzung und Kommentar: Der Koran: arabisch-deutsch, Kaiser/Gütersloher Verl.-Haus, Gütersloh, ISBN 3-579-05408-2
Ludwig Hagemann, Ernst Pulsfort (Hrsg.): „Ihr alle aber seid Brüder“. Festschrift für A. Th. Khoury zum 60. Geburtstag. Echter, Würzburg 1990, ISBN 3-429-01303-8.