Axel Zeeck (* 31. März 1939 in Rummelsburg i. Pom.) ist ein deutscher Chemiker und Unternehmer.
Zeeck studierte von 1958 bis 1964 Chemie an der Georg-August-Universität Göttingen. 1966 wurde er bei Hans Brockmann mit der Dissertation Oxydations- und Eliminierungsreaktionen am Diazomethan-Addukt von Bis-α-naphthochinon zum Dr. rer. nat. promoviert. 1974 habilitierte er sich. Danach erhielt er die venia legendi und wurde 1980 Professor für Organische Chemie. Von 1999 bis 2006 war er Inhaber des Lehrstuhls für Biomolekulare Chemie. Er war darüber hinaus Dekan und Vizepräsident (1983–1985) an der Universität Göttingen sowie Hochschulrat der Universität Osnabrück.
Sein Forschungsschwerpunkt ist die Naturstoff-Forschung. Er war Sprecher des Niedersächsischen Forschungsverbundes „Marine Biotechnologie“ und initiierte die Marine Naturstoffforschung am Bundesministerium für Bildung und Forschung. Für das Römpp Lexikon Naturstoffe bearbeitete er ca. 200 Stichworte.
Seit seiner Emeritierung 2006 ist er Gründer und Geschäftsführer der BioViotica Naturstoffe GmbH.
Axel Zeeck ist ein Vetter von Erich Zeeck, emeritierter Professor für Physikalische Chemie an der Carl von Ossietzky Universität Oldenburg.