Bonifatius Fischer OSB (* 20. August 1915 in Friedrichshafen; † 19. April 1997 in Mülhausen (Grefrath)) war ein deutscher Theologe und Benediktiner in der Erzabtei Beuron sowie Gründer und langjähriger Leiter des dortigen Vetus Latina-Instituts.
Nach seinem Eintritt in die Erzabtei Beuron 1934 nahm Paul Fischer den Ordensnamen Bonifatius an und begann 1936 mit dem Studium der Philosophie an der Benediktinerhochschule S. Anselmo in Rom. Im Jahr 1945 kehrte Bonifatius Fischer nach Beuron zurück und wurde von Erzabt Benedikt Baur mit der Arbeit an der Vetus Latina betraut. Er sollte die von Pfarrer Josef Denk (1849–1927) begründete Sammlung der Reste der ältesten lateinischen Bibelübersetzungen fortführen und die geplante Edition beginnen und nach Möglichkeit zum Abschluss bringen. Zu diesem Zweck entstand unter der Leitung von Bonifatius Fischer das Vetus Latina-Institut der Erzabtei Beuron, das sich in den kommenden Jahren zu einem international beachteten Zentrum der Erforschung und Edition des Textes der lateinischen Bibel entwickelte.
Die für die Arbeit nötigen Kenntnisse hatte Bonifatius Fischer bei Alban Dold, einem international bekannten Fachmann für Paläographie, Handschriftenkunde und Palimpsestforschung, erworben. Er erarbeitete die Prinzipien und Kriterien für die Beuroner Edition der Vetus Latina und legte mit seiner 1954 abgeschlossenen Edition der Genesis den ersten Band der Reihe vor. Unter seiner Leitung folgten Editionen weiterer Schriften der Vetus Latina des Alten und Neuen Testaments. Bonifatius Fischer erwarb sich rasch durch zahlreiche Aufsätze und Studien zu den lateinischen Bibelhandschriften und zum lateinischen Bibeltext den Ruf eines hervorragenden Experten auf diesem Gebiet. Dies dokumentiert seine maßgebende Mitarbeit an der Stuttgarter Handausgabe der Vulgata (1. Auflage 1969; 2. Auflage 1975), zu der er zudem eine fünfbändige Wortkonkordanz erarbeitete (1977). Außerdem beteiligte sich Bonifatius Fischer auf Einladung des Instituts für neutestamentliche Textforschung in Münster an den Arbeiten an der 26. Auflage des Novum Testamentum Graece (Nestle-Aland), an der Neubearbeitung des Greek New Testament und an der Editio Critica Maior des griechischen Neuen Testaments.
Aus gesundheitlichen Gründen gab Bonifatius Fischer 1972 die Leitung des Vetus Latina-Instituts in Beuron auf. Er ging als Spiritual in das Benediktinerinnenkloster Mariendonk, wo er seine Forschungen zur lateinischen Bibel bis zu seinem Tod fortsetzte.