Franz Xaver Haberl (* 12. April 1840 in Oberellenbach (Mallersdorf-Pfaffenberg); † 5. September 1910 in Regensburg) war ein deutscher Kirchenmusiker und Musikwissenschaftler.
Haberl wurde als Sohn eines Lehrers in Oberellenbach (Niederbayern) geboren. Er besuchte das bischöfliche Knabenseminar in Passau, studierte dann Theologie in München und empfing dort am 12. August 1862 die Priesterweihe.
In dieser Zeit vollendete Haberl auch die Herausgabe des 4. Bandes der Musica Divina seines kurz zuvor verstorbenen Lehrers Carl Proske.
Nach einer Tätigkeit als Musikpräfekt am Seminar in Passau widmete er sich 1867 bis 1870 als Organist der Kirche Santa Maria dell’Anima in Rom in den dortigen Archiven und Bibliotheken musikwissenschaftlichen Studien.
Von 1871 bis 1882 wirkte er als Domkapellmeister und Inspektor der Dompräbende in Regensburg und gründete dort 1874 die erste katholische Kirchenmusikschule (heute Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikpädagogik), die unter seiner Leitung rasch aufblühte. 1879 gründete er außerdem einen Palestrina-Verein.
Während der Amtszeit Haberls als Domkapellmeister erschienen unter seiner Redaktion Neuausgaben der Choralbücher in enger Anlehnung an die Editio Medicea von 1614. Das päpstliche Privileg zum Druck dieser Ausgabe für die Druckerei Pustet wurde 1900 nicht mehr erneuert, da inzwischen die Forschungen der Benediktiner von Solesmes die Fassungen der Editio Medicae als nicht authentisch erwiesen hatten. Papst Pius X. beauftragte 1904 eine Kommission mit der Wiederherstellung der ursprünglichen Lesarten der Choralgesänge, der Editio Vaticana, die die Editio Medicea dann ablöste.
Seit 1876 gab er „zum Besten der kirchlichen Musikschule“ den Cäcilien-Kalender heraus, den er 1886 zum Kirchenmusikalischen Jahrbuch erweiterte.
Nach einem längeren Studienaufenthalt in Rom, der vor allem der Vorbereitung der Gesamtausgabe der Werke Palestrinas galt, übernahm er 1885 wieder Leitung und Unterricht der Kirchenmusikschule in Regensburg. Die 1862 begonnene Gesamtausgabe der Werke Palestrinas oblag ihm von Band 10 an bis zu ihrem Abschluss mit Band 33 im Jahre 1894 (der 4. Nachtragsband erschien 1907). Seit 1894 hatte er auch einen Teil der Gesamtausgabe der Werke von Orlando di Lasso (21 Bände, 1894–1927) übernommen.
Seit 1889 redigierte er die von Franz Xaver Witt gegründete kirchenmusikalische Zeitschrift Musica sacra und seit 1899 auch die Fliegenden Blätter für katholische Kirchenmusik (später: Cäcilienvereinsorgan).