Die Gauliga Weser-Ems 1942/43 war die erste Spielzeit der Gauliga Weser-Ems des Fachamtes Fußball. Sie entstand neben der Gauliga Südhannover-Braunschweig als kriegsbedingte Aufteilung der ehemaligen Gauliga Niedersachsen. Die Gauliga Weser-Ems wurde in dieser Saison mit zehn Mannschaften im Rundenturnier ausgespielt. Die Gaumeisterschaft sicherte sich Wilhelmshaven 05 und qualifizierte sich dadurch für die deutsche Fußballmeisterschaft 1942/43. Dort erreichten die Braunschweiger durch ein Freilos das Achtelfinale, bei dem sie auswärts gegen Schalke 04 mit 1:4 verloren und somit ausschieden. Da die Gauliga im nächsten Jahr erweitert wurde, gab es in dieser Saison keine Absteiger.