Jonkes Stil war – ausgehend von der Sprachskepsis experimenteller Literatur – beeinflusst von Techniken und Schreibweisen konkreter Poesie und gesellschaftskritisch. In seiner ersten Publikation, dem Geometrischen Heimatroman (1969), verband er immanente Sprachkritik und inhaltsorientiertes Schreiben, um zu einer adäquaten Analyse gesamtgesellschaftlicher Zusammenhänge zu gelangen. Die ErzählungSchule der Geläufigkeit (1977) ist im Rahmen des ästhetischen Prinzips stärker inhaltlich ausgerichtet, geht über die Sprachkritik hinaus auch von realen Geschehnissen aus. Jonke griff hier die Idee der Zusammenfügung von Erinnerung und Gegenwart auf: Ein Sommerfest soll identisch mit dem des Vorjahres inszeniert und dadurch die Zeit aufgehoben werden. Die Beziehung zwischen Fiktion und Wirklichkeit wird zum eigentlichen Thema der Erzählung, die immer wieder durch eingeschobene Geschichten unterbrochen wird.
Seit dem Sommer 2008 soll Jonke von seiner schweren Krebserkrankung gewusst haben, dennoch nahm er bis zu seinem Tod Termine wahr. So übernahm er in seiner Wirtschaftsfarce Platzen Plötzlich noch seine erste Schauspielrolle. Er erlag am 4. Jänner 2009 im Alter von 62 Jahren seiner Erkrankung. Am 19. Jänner 2009 wurde er in einem Ehrengrab auf dem Wiener Zentralfriedhof (Gruppe 33G, Nr. 41) beigesetzt.[1]
In memoriam Gert Jonke haben das Land Kärnten und die Stadt Klagenfurt 2010 einen Gert-Jonke-Literaturpreis gestiftet, der alle zwei Jahre vergeben werden soll.
Chorphantasie. Literaturverlag Droschl, Graz u. a. 2003, ISBN 3-85420-627-5
Redner rund um die Uhr. Jung und Jung, Salzburg u. a. 2003, ISBN 3-902144-48-3.
Klagenfurt (zusammen mit Siegfried Gutzelnig), Heyn, Klagenfurt 2004, ISBN 3-7084-0012-7.
Strandkonzert mit Brandung. Georg Friedrich Händel. Anton Webern. Lorenzo da Ponte. Salzburg: Jung und Jung, 2006.
Alle Stücke. Salzburg: Jung und Jung 2008.
Alle Gedichte. Salzburg: Jung und Jung 2010.
Erwachen zum Schlafkrieg. Neuauflage, Salzburg: Jung und Jung 2011.
Theaterstücke
Damals vor Graz, Uraufführung Forum Stadtpark Graz 1989.
Die Hinterhältigkeit der Windmaschinen
Sanftwut oder Der Ohrenmaschinist, Theatersonate, UA Styriate Graz 1990.
Weitere Aufführung der 'Theatersonate' Der Ohrenmaschinist mit Ulrich Wildgruber, Hamburger Kammerspiele 1993/94, TV-Aufzeichnung eines Gastspiels bei der Szene Salzburg im August 1994(Bildregie:Felix Breisach) in Koproduktion ORf, NDR und arte
Opus 111, UA Volkstheater Wien 1993.
Gegenwart der Erinnerung, UA Volkstheater Wien 1995.
Es singen die Steine, UA Stadttheater Klagenfurt 1998.
Insektarium, UA Volkstheater Wien 1999 (Regie: Michael Kreihsl)
Die Vögel, UA Volkstheater Wien 2002.
Chorphantasie, UA Kulturhauptstadt Europas/Theater Graz, 2003.
Redner rund um die Uhr, UA Semper-Depot Wien, 2004
Seltsame Sache, UA Ruhrtriennale September 2005.
Die versunkene Kathedrale, UA Burgtheater September 2005.
Klaus Amann (Hrsg.): Die Aufhebung der Schwerkraft. 1998, ISBN 3-85449-129-8.
Frederik Schneeweiß: Medialität und Musikopoetik. Grenzfälle der Sprache im Werk von Gert Jonke. Universitätsverlag Winter, Heidelberg 2019, ISBN 978-3-8253-6833-3.
Film und Fernsehen
Händels Auferstehung. Regie: Klaus Lindemann. Hessischer Rundfunk 1980.
Geblendeter Augenblick – Anton Weberns Tod. Text: Gert Jonke. Hessischer Rundfunk 1986.