Johannes Heinrich Mordtmann (* 11. September 1852 in Pera, heute ein Stadtteil von Istanbul, Osmanisches Reich; † 3. Juli 1932 in Berlin) war ein deutscher Orientalist und Diplomat.
Mordtmann wurde als Sohn des damaligen Konsuls der Hansestädte an der Hohen Pforte Andreas David Mordtmann im vorwiegend von Ausländern bewohnten Pera geboren. In den Jahren von 1861 bis 1871 besuchte er in Hamburg die Gelehrtenschule des Johanneums und ging danach zum Studium der europäischen Klassik an die Universität Bonn, wo er sich mit der Zeit der Orientalistik zuwandte. In Leipzig besuchte er bei Heinrich Leberecht Fleischer Vorlesungen in Arabistik. In Berlin wurde er mit der epigraphischen Arbeit Marmora Ancyrana an der Friedrich-Wilhelms-Universität in Berlin promoviert, der heutigen Humboldt-Universität.
In verschiedenen Funktionen wirkte er in der Folgezeit im Dienst des Auswärtigen Amtes im Osmanischen Reich als Dragoman, Konsul und Generalkonsul in den heute Thessaloniki, Izmir und Istanbul genannten Städten. Daneben beschäftigte er sich mit Inschriften, zunächst mit himjarischen und später mit griechischen und byzantinischen. Ab 1910 waren es dann vorwiegend türkische Themen, die er auch an der Universität Istanbul in Vorlesungen behandelte. Ab 1872 war er ordentliches Mitglied der Griechischen philologischen Gesellschaft in Konstantinopel.
Während des Ersten Weltkriegs machte der Generalkonsul Mordtmann 1915 die Regierung des Deutschen Reiches auf den Völkermord an den Armeniern aufmerksam, nachdem ihm der osmanische Innenminister Talât Pascha ausdrücklich bestätigt hatte, dass die damals durchgeführten Handlungen der Vernichtung des armenischen Volkes dienten. Nach der Besetzung Konstantinopels durch die Ententemächte im März 1920 verließ er seine Heimatstadt und ging nach Mitteleuropa.
Mordtmann lebte zunächst in der Schweiz in Schaffhausen und ging dann nach Innsbruck, wo er vorübergehend lehrte. 1920 kam er über Würzburg an die Universität in Berlin, wo er am Orientalischen Seminar über islamische Denkmäler las. Er konzentrierte sich anhand von Inschriften, die Carl August Rathjens und Hermann von Wissmann mitgebracht hatten, auf altsüdarabische Forschungen, zu denen er auch zwei grundlegende Bände veröffentlichte.
Aufgrund seiner Vertrautheit mit dem Osmanischen Reich konnte er kompetent zu Fragen der Geschichte, Literatur, Sprache und der Gegenwart Stellung nehmen. Er gilt durch diese Fachkenntnisse und seine wissenschaftlichen Beiträge als einer der Begründer des Fachs Osmanistik. Seine bedeutende Bibliothek wurde von der Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg erworben.