Seit dem 1. Juli 1867 gehörte der Kreis zum Norddeutschen Bund und ab dem 1. Januar 1871 zum Deutschen Reich. Am 21. Juli 1875 wurden Teile des Gutsbezirks Memleben, Klostergut auf dem linken Ufer der Unstrut aus dem Kreis Querfurt in den Kreis Eckartsberga eingegliedert. Gleichzeitig traten Teile des Gutsbezirks Wendelstein (Domäne auf dem rechten Ufer der Unstrut) aus dem Kreis Eckartsberga in den Kreis Querfurt.
Zum 30. September 1929 fand im Kreis Querfurt entsprechend der Entwicklung im übrigen Preußen eine Gebietsreform statt, bei der alle selbständigen Gutsbezirke aufgelöst und benachbarten Landgemeinden zugeteilt wurden. Nach Auflösung der Provinz Sachsen zum 1. Juli 1944 gehörte der Kreis zur neuen Provinz Halle-Merseburg. Im Frühjahr 1945 wurde das Kreisgebiet durch US-amerikanische Streitkräfte besetzt.
Der Kreis Querfurt gliederte sich in Städte, in Landgemeinden und – bis zu deren vollständiger Auflösung – in selbstständige Gutsbezirke. Mit Einführung des preußischen Gemeindeverfassungsgesetzes vom 15. Dezember 1933 gab es ab dem 1. Januar 1934 eine einheitliche Kommunalverfassung für alle preußischen Gemeinden. Mit Einführung der Deutschen Gemeindeordnung vom 30. Januar 1935 trat zum 1. April 1935 im Deutschen Reich eine einheitliche Kommunalverfassung in Kraft, wonach die bisherigen Landgemeinden nun als Gemeinden bezeichnet wurden. Diese waren in Amtsbezirken zusammengefasst. Eine neue Kreisverfassung wurde nicht mehr geschaffen; es galt weiterhin die Kreisordnung für die Provinzen Ost- und Westpreußen, Brandenburg, Pommern, Schlesien und Sachsen vom 19. März 1881.
Heinrich Bergner: Der Kreis Querfurt (= Bau- und Kunstdenkmäler Provinz Sachsen. Nr.27). Rockstuhl, Bad Langensalza 2022, ISBN 978-3-95966-331-1 (Reprint der Ausgabe 1909).
↑Christian Gottfried Daniel Stein: Handbuch der Geographie und Statistik des preußischen Staats. Vossische Buchhandlung, Berlin 1819, Der Regierungsbezirk Merseburg, S.350 (Digitalisat [abgerufen am 5. Juli 2016]).
↑Handbuch der Provinz Sachsen. Rubachsche Buchhandlung, Magdeburg 1843, S.233 (Digitalisat [abgerufen am 6. Juli 2016]).
↑Königlich Statistisches Büro Preußen (Hrsg.): Die Gemeinden und Gutsbezirke des Preussischen Staates und ihre Bevölkerung. Die Gemeinden und Gutsbezirke der Provinz Sachsen. Verlag d. Königl. Statist. Bureaus, Berlin 1873 (Digitalisat [abgerufen am 5. Juli 2016]).
↑ abcdefghMichael Rademacher: Landkreis Querfurt. Online-Material zur Dissertation, Osnabrück 2006. In: eirenicon.com. Abgerufen am 1. Januar 1900