Um die Priesterausbildung zu vereinheitlichen, sollte die Zahl der Priesterseminare gesenkt werden. Das Freisinger Priesterseminar sollte dafür nach München verlegt werden. Aufgrund der engen Verflechtung von Priesterseminar und Hochschule hätte dieser Schritt auch das Ende für die Hochschule bedeutet. Im September 1966 wurde in einem Staatsvertrag zwischen dem Heiligen Stuhl und dem Freistaat Bayern die Auflösung der Freisinger Hochschule beschlossen. Aufgrund des abzusehenden Endes der Hochschule wurden vakante Lehrstühle nicht mehr besetzt und die Studentenzahl sank von 162 (1965/66) auf 82 (1967/68). Daraufhin veranlasste Kardinal Julius Döpfner die vorzeitige Verlegung der Priesterausbildung nach München. Seit dem Wintersemester 1968/69 findet diese an der Ludwig-Maximilians-Universität München statt.
Sebastian Huber (1860–1919), Dr. phil. und ordentlicher Professor für Philosophie am Lyzeum in Freising (1893–1914), dann Domdekan und Generalvikar in München[2]
Johann Michl, Vertreter der Professur für Neues Testament (1936), 1945 außerordentlicher Professor, 1948–1969 ordentlicher Professor für neutestamentliche Exegese und biblische Hermeneutik, Rektor (1949–1952, 1963–1969)
Ingo Schröder: Die staatlichen philosophisch-theologischen Hochschulen in Bayern von 1923 bis 1978. München 2004 (uni-muenchen.de [PDF; 1,3MB]).
Sigmund Benker, Marianne Baumann-Engels: Freising. 1250 Jahre Geistliche Stadt – Ausstellung im Diözesanmuseum und in den historischen Räumen des Dombergs in Freising, 10. Juni bis 19. November 1989. Wewel Verlag, München 1989, ISBN 3-87904-162-8, S.170.
Günther-Franz Lehrmann: Die Verlegung des Landshuter Lyzeums nach Freising 1834. Über die Anfänge der königlichen Hochschule auf dem Domberg, in: Beiträge zur altbayerischen Kirchengeschichte 43 (1998), S. 105–129. Ebenfalls abgedruckt in: Sammelblatt des Historischen Vereins Freising 36 (1999), S. 21–42.