Werner Breunig (* 11. September 1956[1] in Flörsheim am Main) ist ein deutscher Politikwissenschaftler, der vor allem zur Geschichte und zum Zeitgeschehen Berlins publiziert.
Breunig studierte Politikwissenschaft und Germanistik an der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg. Nach seinem Staatsexamen war er Mitarbeiter des Instituts für Politische Wissenschaft der Universität Heidelberg und am dort durchgeführten und von der Stiftung Volkswagenwerk geförderten Forschungsprojekt zur Entstehung der Länderverfassungen im westlichen Deutschland nach 1945 tätig. Er war Promotionsstipendiat des Evangelischen Studienwerks Villigst und wurde an der Universität Heidelberg mit einer Dissertation über Verfassunggebung in Berlin 1945–1950 zum Dr. phil. promoviert. Er ist seit 1988 als wissenschaftlicher Mitarbeiter des Landesarchivs Berlin tätig, ist Referent für Publikationen und unter anderem Herausgeber (mit Uwe Schaper) und Redakteur von über 20 Bänden der Reihe Berlin in Geschichte und Gegenwart. Jahrbuch des Landesarchivs Berlin.[2] Seit 1990 führt er die Stadtchronik Berlins und hat bisher mehr als vierzig Jahreschroniken (1969 bis 1980 und 1990 bis 2019) verfasst und publiziert.[3] Er ist Mitglied der Historischen Kommission zu Berlin.
Sein Bruder ist der Archäologe Peter Breunig.