Rivers of Estonia are short and mostly have a small discharge. Only 10 rivers are longer than 100 km. The largest river is the Narva (length 77 km) on the Estonian–Russian border, whose average discharge is larger than that of all other rivers combined.
| # | Name | Length (km) | Basin (km2) |
|---|---|---|---|
| 1. | Võhandu | 162 | 1,420 |
| 2. | Pärnu | 144 | 6,920 |
| 3. | Põltsamaa | 135 | 1,310 |
| 4. | Pedja | 122 | 2,710 |
| 5. | Keila | 116 | 682 |
| 6. | Kasari | 112 | 3,210 |
| 7. | Piusa | 109 | 796 |
| 8. | Pirita | 105 | 799 |
| 9. | Emajõgi | 101 | 9,740 |
| 10. | Navesti | 100 | 3,000 |
List is incomplete.
| Name | Length (km) | Basin (km2) | Location (county) | Further info | Image |
|---|---|---|---|---|---|
| Aavoja | 23 | 69.1 | Harju County | ||
| Agali Ditch/River | 1.9 | ||||
| Ahja | 103.4 | ||||
| Alajõgi | 29 | ||||
| Allika | 27.7 | ||||
| Ambla | |||||
| Amme | |||||
| Angerja Stream | 28.3 | ||||
| Anija Stream | |||||
| Antsla | 23 | ||||
| Apna | |||||
| Ärma | |||||
| Aruküla | |||||
| Aruoja | |||||
| Atla | |||||
| Audru | |||||
| Avaste Stream | 12.0 | ||||
| Avijõgi | |||||
| Emajõgi | |||||
| Elbu | |||||
| Elva | |||||
| Enge | |||||
| Ema | |||||
| Esna | 25 | ||||
| Gorodenka | |||||
| Häädemeeste | 18 | ||||
| Haavakivi | |||||
| Halliste | |||||
| Härjapea | |||||
| Harku stream | |||||
| Helme | |||||
| Hilba | |||||
| Hirmuse | 22 | ||||
| Humalaste | |||||
| Hundikuristiku stream | |||||
| Hüüru | |||||
| Ilmatsalu | 23 | ||||
| Iskna | |||||
| Jaama River | 16.0 | ||||
| Jaama Stream | 5.8 | ||||
| Jägala | |||||
| Jänijõgi | |||||
| Järveotsa stream | |||||
| Jõelähtme | |||||
| Jõku | |||||
| Jurga stream | |||||
| Juudaoja | |||||
| Kääpa | |||||
| Kalita stream | |||||
| Kalli | |||||
| Kargaja | |||||
| Kärla | 17 | ||||
| Käru | |||||
| Kasari | |||||
| Kata | |||||
| Katku stream | |||||
| Kavilda | |||||
| Keila | |||||
| Kiruoja | |||||
| Kiudu | 3.0 | ||||
| Kivioja | |||||
| Kloostri | |||||
| Kodila | 26 | ||||
| Kohtla | 29 | ||||
| Kohtra | |||||
| Kolga | 15 | ||||
| Kolga stream | |||||
| Kondi oja | |||||
| Koreli oja | |||||
| Kõpu | |||||
| Koosa | |||||
| Kroodi stream | 5.2 | 23.8 | Harju County, Maardu | ||
| Kubija stream | |||||
| Kudruküla stream | 11 | Ida-Viru County | |||
| Kuivajõgi | |||||
| Kuke | |||||
| Külge Stream | |||||
| Kulgu | |||||
| Kullavere | |||||
| Kunda | |||||
| Kurina | |||||
| Kurna Stream | |||||
| Kuura | |||||
| Laatre | |||||
| Laeva | |||||
| Lahavere stream | |||||
| Lähkma | |||||
| Laugi | 17.8 | ||||
| Leevi | |||||
| Leisi | |||||
| Leivajõgi | 23 | ||||
| Lemmejõgi | |||||
| Lemmjõgi | |||||
| Liivi | |||||
| Lintsi | |||||
| Lodja stream | |||||
| Loo | |||||
| Loobu | |||||
| Lõve | |||||
| Luguse | |||||
| Luutsna | |||||
| Maadevahe | 8.0 | ||||
| Mädajõgi | |||||
| Mädara | |||||
| Mäetaguse | 25 | ||||
| Mägara | |||||
| Mähe stream | |||||
| Maidla | |||||
| Massu | |||||
| Mõra | |||||
| Mudajõgi | 16 | ||||
| Mulkoja | |||||
| Munalaskme stream | |||||
| Mustajõgi | |||||
| Mustjõgi (Endla) | |||||
| Mustjõgi (Gauja basin) | |||||
| Mustjõgi (Jägala basin) | 38.1 | ||||
| Mustjõgi (Tallinn) | |||||
| Mustoja (Lahemaa) | |||||
| Mustvee | |||||
| Muuga stream | |||||
| Nahavere stream | |||||
| Naravere stream | |||||
| Narva | |||||
| Nasva | |||||
| Navesti | |||||
| Nõmme | 13.3 | ||||
| Nõva | 22.0 | ||||
| Nurtu | |||||
| Nuutri | 11 | ||||
| Õhne | |||||
| Ohukotsu | 12.1 | ||||
| Onga | |||||
| Õngu | 6.8 | ||||
| Orajõgi | |||||
| Paadrema | 30 | ||||
| Paala | |||||
| Pääsküla | |||||
| Pada | |||||
| Pala | |||||
| Pale | |||||
| Palgissaare Stream | |||||
| Paltra | |||||
| Pärlijõgi | |||||
| Pärnu | |||||
| Paunküla Stream | |||||
| Pede | |||||
| Pedeli | |||||
| Pedja | |||||
| Peeda | |||||
| Peetri | |||||
| Penijõgi | 11.0 | ||||
| Piigaste stream | |||||
| Piilsi | |||||
| Pikknurme | |||||
| Pikva Stream | |||||
| Pirita | |||||
| Piusa | |||||
| Põduste | |||||
| Põltsamaa | |||||
| Porijõgi | |||||
| Poruni | 11 | ||||
| Prandi | |||||
| Preedi | |||||
| Pühajõgi (Ida-Virumaa) | |||||
| Pühajõgi (Saaremaa) | |||||
| Punapea | |||||
| Purtse | |||||
| Jõelähtme | |||||
| Raasiku (Jõelähtme) | |||||
| Rannametsa | |||||
| Rannamõisa | |||||
| Rannapungerja | |||||
| Räpu | 20.8 | ||||
| Raudna | |||||
| Raudoja | 12 | location of Raudoja Reservoir | |||
| Reiu | |||||
| Reopalu | |||||
| Retla | |||||
| Riguldi | |||||
| Rõngu | 26 | ||||
| Saarjõgi | |||||
| Sae Stream | |||||
| Saki | |||||
| Saku (Vääna) | |||||
| Salajõgi | |||||
| Salla | |||||
| Salme | 4.4 | ||||
| Sämi | |||||
| Sauga | |||||
| Selja | |||||
| Sigaste stream | |||||
| Sillaotsa | 15.3 | ||||
| Sitapätsi | |||||
| Sõmeru | 15 | ||||
| Soodla | |||||
| Sõtke | |||||
| Struuga (Jaama) | |||||
| Surju stream | |||||
| Surjupera stream | |||||
| Suuremõisa | 16 | ||||
| Taebla | |||||
| Tagajõgi | |||||
| Tänassilma | |||||
| Tarvastu | |||||
| Tatra | |||||
| Teenuse | |||||
| Timmkanal | |||||
| Tirtsi | |||||
| Tiskre stream | |||||
| Tõdva | |||||
| Tõlla stream | |||||
| Toolse | |||||
| Topi | |||||
| Tori | |||||
| Tõrvajõgi | |||||
| Tõrvanõmme stream | |||||
| Tõstamaa | 3.8 | ||||
| Treppoja | |||||
| Tuhala | |||||
| Tuudi | 27.8 | ||||
| Ulila | |||||
| Umbusi | |||||
| Unguma | 10.1 | ||||
| Ura | |||||
| Uueveski Creek | 5.2 | 23.8 | Viljandi County | ||
| Uruste stream | |||||
| Vääna | |||||
| Vaemla | |||||
| Vahejõgi | 1.3 | ||||
| Vaidava | |||||
| Väike Emajõgi | |||||
| Vainupea | |||||
| Valgejõgi | |||||
| Valuoja | 9.3 | 13.6 | Viljandi County | ||
| Vanajõgi | 8.0 | ||||
| Vändra | |||||
| Vara stream | |||||
| Vardi | |||||
| Vardja | |||||
| Varsaallika stream | |||||
| Värska stream | |||||
| Vasalemma | |||||
| Vaskjõgi | |||||
| Veelikse stream | |||||
| Velise | |||||
| Verioja | |||||
| Veskijõgi | 11.6 | ||||
| Vigala | |||||
| Vihterpalu | |||||
| Visela | |||||
| Visula | |||||
| Vodja | |||||
| Võhandu | |||||
| Võhkse | |||||
| Võhu | |||||
| Võlupe | |||||
| Vorsti | |||||
| Võsu |