Elupaikade direktiiv (nõukogu direktiiv 92/43/EMÜ, 21. mai 1992, looduslike elupaikade ning loodusliku loomastiku ja taimestiku kaitse kohta)[1] on üks kahest Euroopa Liidu looduskaitse direktiivist (teine on linnudirektiiv).
Direktiivi ülesanne on kaitsta ohustatud looma- ja taimeliike ning nende elupaigatüüpe ja kasvukohti. Kaitsmisega aidatakse kaasa looduse mitmekesisuse säilimisele ja taastamisele. Direktiivi eesmärkide saavutamiseks on loodud loodusalade võrgustik Natura 2000.[2]
Direktiiv võeti vastu 21. mail 1992, kuid seda on hiljem mitu korda muudetud, viimati 2013. aastal seoses Horvaatia Vabariigi ühinemisega Euroopa Liiduga.[3]