Enimexil juhtus tegevusaja jooksul kolm rasket ja kolm kergem õnnetust, rasketes hukkus kokku 6 inimest.
23. september1998 – kaotas Niitvälja golfiväljakult lende sooritanud Enimexile kuulunud ja eralendu teinud kerglennuk X-32 ES-UHA ringilennul kiiruse ning põrkas vastu maad. Piloot sai kergeid ja lennuk tõsiseid vigastusi. Õnnetuse põhjustasid piloodi vähene ettevalmistus ja lennundusnõuete jäme rikkumine.
29. november1999 – tegi Enimexi lennuk An-28 ES-NOF kaubaveolennul Rootsist Poolasse hädamaandumise Goleniowis heinapõllul 30 kilomeetrit sihtlennuväljast eemal, kuna lennukil lõppes kütus. Kolm pardal olnud inimest ja kaup ei saanud viga. Lennuki ninaosa sai kraavivajumisel nii tõsiseid vigastusi, et lennuki lennukõlblikkuse taastamine ei olnud otstarbekas. Lennuki kütus lõppes ootamatult, kuna lend oli halvasti ette valmistatud.
21. juuni2000 – kaotas Enimexile kuulunud ja eraisikule renditud kahekohaline ujukitega kergelennuk X-32 Bekas ES-UHU huvilennul Pärnu jõe kohal juhitavuse, kukkus vette, purunes ja uppus. Lennuki piloot sai raskeid vigastusi ja suri 18 päeva hiljem haiglas, lennukis olnud kümneaastane poiss suri saadud ajukahjustustesse. Uurimine selgitas, et õnnetuse põhjustas pööris, mille tingis piloodi valitud vähene lennukiirus.
23. november2001 – ELK Lennuliinide lend 1007, mida teenindas Enimexi lennuk Antonov AN-28 ES-NOV kukkus halva ilmaga maandumisel alla. Lennuki pardal oli kolm meeskonnaliiget ja 14 reisijat. Õnnetuses hukkus kaks reisijat ja Lennuamet tuvastas õnnetuse põhjusena piloodi eksimuse. Õnnetusega seotud kohtuprotsess kestis 9 aastat, aga kedagi süüdi ei mõistetud.
21. aprill2002 – Antonov An-72 ES-NOP kukkus Indoneesias maandumisel alla. Õnnetuses keegi surma ei saanud, aga lennuk läks mahakandmisele.
10. veebruar2003 – Enimexi Antonov AN-28 (ES-NOY) kaubalennuk kukkus kohe pärast Tallinna lennujaamast startimist metsa. Õnnetuses hukkusid mõlemad piloodid ja pardal olnud mehaanik sai vigastada. Õnnetuse põhjustas mootori rike.
Eesti lennufirmad