Aastatel 1993–1995 kandis nimetust Venemaa Föderatsiooni Föderaalne Vastuluureteenistus (Федеральная служба контрразведки Российской Федерации; lühend ФСК, eestipäraselt FSK).
Rahvuslik terrorismivastane komitee (vene keeles Национальный антитеррористический комитет, HAK)
Esimene teenistus (Служба контрразведки (СКР)) - vastuluure
Teine teenistus (Служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом (СЗКСБТ)) - põhiseadusliku korra kaitse ja terrorismivastane võitlus. Ülem: Aleksandr Bragin (Брагин, Александр Александрович) (2004–2006), Aleksei Sedov (Седов, Алексей Семёнович) (2006–)
Kolmas teenistus (Научно-техническая служба (НТС)) - teadus- ja tehniline teenistus
Neljas teenistus (Служба экономической безопасности (СЭБ)[1]) - majandusjulgeolek. Ülem: Aleksandr Bortnikov (2004–2008), Juri Jakovlev (2008–2016[2]) (Яковлев, Юрий Владимирович), Sergei Koroljov[3] (Королев, Сергей Борисович) (2016–2021), kt. Sergei Alpatov (Алпатов, Сергей Николаевич)
Tööstusettevõtete vastuluure valitsus (Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности, Управление "П"): "Ростех", "Роснано", "Роскосмос", nafta-gaasitööstuse valdkonna ettevõtted, kaitsetööstussettevõtted, tuumaelektrijaamad, kullatööstusettevõtted jne
Krediidi- ja finantssüsteemi vastuluure valitsus (Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы, Управление "К"). Ülem: Viktor Voronin (Воронин, Виктор Геннадьевич) (2004–2016), Ivan Tkatšov[4] (Ткачев, Иван Иванович) (2016–),
Transpordi vastuluure valitsus (Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта, "Управление Т"). Venemaa Raudteed (РЖД), Aeroflot, metrood, raudteejaamad, lennujaamad, side- ja telekommunikatsioonivaldkond jt. Ülem: Oleg Sõromolotov (Сыромолотов, Олег Владимирович) (1998–2000), Gennadi Moškov (Мошков, Геннадий Юрьевич) (2000–2001[küsitav]), kt. Leonid Popov, Viktor Gavrilov[5] (Гаврилов, Виктор Анатольевич)
Viies teenistus (Служба оперативной информации и международных связей (СОИМС)[6]) - operatiivinformatsioon (sh FSB välisluure[7]) ja rahvusvaheline koostöö. Ülem: Sergei Besseda (200.–2022[8]), kt Georgi Grišajev
Kuues teenistus (Служба организационно-кадровой работы (СОКР)) - haldus- ja personal
Seitsmes teenistus (Служба обеспечения деятельности (СОД)) - tugiteenused
M valitsus (Управление «М»[9]) - vastuluure VF sisejulgeolekuministeeriumites (VF Justiitsministeerium, VF Eriolukordade Ministeerium, VF Ülemkohus, VF Prokuratuur, VF Siseministeerium, VF Karistuste Täideviimise Teenistus (FSIN), VF Uurimiskomitee). Ülem: Anaotoli Tjukov (2012–2014/2015), Sergei Alpatov (2014/15–2018), Aleksei Vertjaškin (2018–2019), Vladimir Sergijenko (2019–)
Sisejulgeoleku valitsus (Управление собственной безопасности (УСБ)[10]). Ülem: Sergei Koroljov (Королев, Сергей Борисович) (2011/2012–2016), kt. Oleg Feoktistov, Vladimir Sergijenko (–2019), Aleksei Vertjaškin (Вертяшкин, Алексей Владимирович) (2019–). Sisejulgeolekuvalitsuses, 6 teenistust, sh FSB SJV 6. teenistus[11].
2004. aasta juunis viidi läbi FJT keskaparaadi organisatsioonistruktuuri muudatused ja seniste FJT departemangude (valitsuste) asemel moodustati FJT teenistused ning vähendati ka FJT direktori asetäitjate arvu.
Majandusjulgeoleku teenistus (Служба экономической безопасности (СЭБ)). Ülem: Nikolai Patrušev (1998-1999), Viktor Ivanov (1999-2000), Juri Zaostrovtsev (2000-2004).
Tööstusettevõtete vastuluure valitsus (Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности, Управление "П")
Krediidi- ja finantssüsteemi vastuluure valitsus (Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы, Управление "К")
VF Siseministeeriumi, Eriolukordade Ministeeriumi ja Justiitsministeeriumi vastuluure valitsus (Управление по контрразведывательному обеспечению МВД, МЧС, Минюста, Управление "М"). 1. osakond kontrollib VF SM keskaparaati jne.
Transpordi vastuluure valitsus (Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта, "Управление Т")
Salakauba ja ebaseadusliku narkootikumide käitlemise vastu võitlemise valitsus (Управление по борьбе с контрабандой и незаконным оборотом наркотиков, "Управление Н" ). Moodustati 2002. aastal ja hiljem liideti K valitsusega.
Organisatsioonilis-analüütiline valitsus (Организационно-аналитическое управление)
Haldusteenistus (Административная служба)
Kontrolliteenistus
Kontrolliteenistus (Контрольная служба). Juri Ignaštšenkov (Игнащенков Юрий Юрьевич) (2007–2013), Vladimir Krjutškov (Крючков Владимир Васильевич) (2013–),
Isikkoosseisu Inspektsioon (Инспекция по личному составу)
Kontrolli- ja revisjoni valitsus (Контрольно-ревизионное управление)
Sisejulgeolekuvalitsus (Управление собственной безопасности, Девятое управление ФСБ России). Vladimir Krjutškov (−2010), Aleksei Dorofejev (Дорофеев Алексей Николаевич) (2010–2012), Anatoli Tjukov (Тюков, Анатолий Павлович) (2012–), Aleksei Komkov (Комков Алексей) (2016–)
1.–6. teenistus
Operatiivinformatsiooni ja rahvusvaheliste suhete teenistus
Operatiivinformatsiooni ja rahvusvaheliste suhete teenistus (Служба оперативной информации и международных связей)
Sidejulgeoleku keskus (Центр безопасности связи ЦБС), endine FAPSI ja NSV Liidu Riikliku Julgeoleku Komitee 16. valitsus.
Sidevahendite raadioelektroonilise luure keskus (Центр радиоэлектронной разведки на средствах связи)
Spetsiaalteenistus, teadete šifreerimine (Специальная служба (шифрование)
Riiklike saladuste litsentseerimise, sertifitseerimise ja kaitse keskus (Центр по лицензированию, сертификации и защите государственной тайны ФСБ России)
Lepingute- ja õigusvalitsus (Договорно-правовое управление)
Perspektiivsete programmide valitsus (Управления перспективных программ ФСБ ( –1997)
Kuritegelike organisatsioonide tegevuse tõkestamise ja takistamise valitsus (Управлений по разработке и пресечению деятельности преступных организаций ФСБ (УРПО ФСБ РФ)), 1996–1998
Piirkondlikud struktuuriüksused
Pikemalt artiklis Venemaa Föderatsiooni Föderaalse Julgeolekuteenistuse piirkondlikud asutused
Venemaa Föderatsiooni Julgeolekuteenistuse allasutused on esindatud kõigis Venemaa Föderatsiooni subjektides, kuid tähtsamad on suurlinnade Moskva ja Peterburi FSB valitsused:
Venemaa Föderatsiooni Föderaalse Julgeolekuteenistuse Peterburi ja Leningradi oblasti valitsus
21. märts2007 – valitsuse ülem Aleksandr Rutšev (Александр Ручьев),
1997 – mõisteti süüdi spionaažis Suurbritannia välisluure SIS kasuks Vadim Sintsov, endine eriotstarbelise masina ja metallurgiatehase direktor, kes andis edasi Suurbritannia luurele salastatud informatsiooni ning mõisteti 10 aastaks kandma vabaduskaotuslikku karistust;
1997 – vahistati ja mõisteti süüdi spionaažis Vladivostokis sõjamereväe ajalehes Bojevaja Vahta töötanud ja Jaapani telefirmaga koostööd teinud Grigori Pasko (Григорий Пасько);
2000 – vahistati Moskvas Ameerika Edmond Pope, keda süüdistati selles, et ta ostis Venemaa sõjatööstuskompleksi kuuluva Baumani-nimelise Moskva Riikliku Tehnikaülikooli professori Anatoli Babkinilt allveetorpeedo "Škval" ("Шквал") tehnilist dokumentatsiooni;
2003 – mõisteti süüdi endise Venemaa Välisluure SVR Vastuluurevalitsuse 1. osakonna ülema asetäitja Aleksandr Zaporožii (Александр Запорожский) riigireetmises, mis seines riikliku saladuse avaldamises teenistusajal Ameerika Ühendriikides;
2004 – mõisteti süüdi Eesti luure kasuks töötanud endine NSV Liidu RJKPiirivalvevägede Peavalitsuse töötaja Igor Vjalkov, kellele mõisteti karistuseks kodumaa reetmise eest 10 aastat vabadusekaotust;
2007 – mõisteti Moskva sõjaväeringkonnas teeninud major Sergei Jurenja süüdi riigireetmises ja määrati Poola heaks spioneerimise eest karistuseks seitse aastat vanglakaristust[14];
2010 – peeti kinni väidetav Hiina Riikliku Julgeoleku Ministeeriumi kasuks töötanud Hiina kodanik Tun Shenjuni, kes üritas ligi pääseda salajasele informatsioonile õhutõrjesüsteemi S-300 kohta[16].
2021 – vahistati Suurbritannia Saksamaa saatkonna turvatöötaja David Ballantyne Smith, kes edastas salastatud informatsiooni, Suurbritannia saatkonna töötajatest Venemaa saatkonna töötajale[18]
2022 – Euroopa Liidu ja NATO liikmesriikidest saadeti välja ca 400 Venemaa diplomaati ja luureohvitseri[19][20]
