Docteur d'État en mathématiques pures (thèse soutenue le à l'université Claude-Bernard, Lyon 1), Alain Bouvier est d'abord professeur de mathématiques et séjourne dans plusieurs universités étrangères (nord-américaines notamment) : université Queen's à Kingston, université du Tennessee, université de Rome, université d’Abidjan, université Sidi Mohamed Ben Abdellah de Fès. avant d'exercer en France la responsabilité d'organismes publics divers (IREM de Lyon, MAFPEN de Lyon, IUFM de Lyon, recteur de l'académie de Clermont-Ferrand de 2000 à 2004), puis de devenir professeur en sciences de gestion (management public non marchand) à l’Institut d'administration des entreprises (IAE) de l'université de Poitiers jusqu'en 2010, université dont il est aujourd'hui professeur émérite. Il assure actuellement des conférences sur le management public dans un master de l'Institut d'Auvergne des territoires (IADT) de Clermont-Ferrand.
En 1998, il devient professeur associé à l'université de Sherbrooke, nomination renouvelée plusieurs fois depuis.
Il est membre du Haut conseil de l'éducation de 2005 à 2011 et, de 2005 à 2010, chargé de mission à mi-temps à l'ESEN de Poitiers, puis membre du Comité parlementaire de suivi de la loi de refondation de l'École de la République de 2014 à 2017.
Il est président de la régionale de Lyon de l'Association des professeurs de mathématiques de l'enseignement public (APMEP), président de la conférence des chefs MAFPEN, président de la conférence des directeurs d'IUFM (deux mandats), président de l'Association française des acteurs de l'éducation (AFAE ; deux mandats et président d'honneur depuis), président de l'Association pour le développement des méthodologies d’évaluation en éducation en Europe (ADMEE-Europe) et président du conseil de l'École supérieure du professorat et de l'éducation (ÉSPÉ) de Créteil de 2013 à 2016.
Il a assuré plus de cent-cinquante missions à l'étranger sur les cinq continents.
Il est directeur de la collection « Profession cadre Service public » qu'il a créée en 2008, membre du comité d'orientation de la revue Horizons publics depuis 2018, collabore avec l'IADT de Clermont-Ferrand et est membre du comité scientifique de l'ADMEE-Europe.
Aujourd'hui, ses travaux portent sur la gouvernance et le management public, plus particulièrement des systèmes éducatifs, le management cognitif, les mécanismes de régulation et les organisations apprenantes, ainsi que sur le management pédagogique de proximité et les questions territoriales : villes intelligentes et territoires apprenants.
Depuis 2013, il est partie prenante de projets en collaborations avec l'université de Sherbrooke, dont l'un pour la production d'une base de connaissances sur le pilotage des établissements scolaires, destiné aux chefs d'établissement des pays francophones, librement accessible depuis .
Sur l'école à la française. Propos d'un mocking bird, 2021, collection Aurora, Paris, L'Harmattan
Propos iconoclastes sur le système éducatif français, 2019, collection Au fil du débat, Paris, Berger-Levrault
Pour le management pédagogique : un socle indispensable Connaître - Éclairer - Évaluer - Agir, (2017), collection Les indispensables, Paris, Berger-Levrault
(Vers des établissements scolaires apprenants. Perspectives pour la conduite du changement, (2014), (avec F. Bégyn, F. Brugière, A. El Bahri et Ph. Tournier) ), Série Livres bleus, Poitiers, Canopé éditions.
Le management cognitif d'un établissement scolaire (2011), Série livres bleus, CRDP de Poitiers
Diriger l'EPLE : du pilotage à la gouvernance, (2010), (avec F. Bégyn et C. Arsène), Repères et perspectives, Paris, Weka
Du projet au contrat d'objectifs (2009), (avec F. Bégyn), Série livres bleus, CRDP de Poitiers
La gouvernance des systèmes éducatifs (2007), Collection Politique d'aujourd'hui, Paris, PUF (deuxième édition en 2012)
Management et sciences cognitives (2004), « Que-sais-je ? » N° 3711, Paris, P.U.F. (Quatrième édition en 2009), traduit en grec
In Laeticia Progin, Richard Etienne et Guy Pelletier, Diriger un établissement scolaire. Tensions, ressource et développement (2019), Louvain-la-Neuve, Deboeck.
in Société des membres de la Légion d'honneur, L'heure des vérités, (2016), Paris, Mareuil éditions.
in Olivier Maulini et Laeticia Progin : Des établissements scolaires autonomes ? Entre inventivité des acteurs et éclatement du système, ( 2016), Paris, ESF
in Anastassios Kodakos et Fragiskos Kalavasis : Topics in educational design N°7 Shadow educational system : border management models of the school with the structures of the educational market, (2015) Diadrassi
in Anastassios Kodakos et Fragiskos Kalavasis : Topics in educational design N°6 Social networking and schools : bridges and meaning, (2013), Diadrassi
in Anastassios Kodakos et Fragiskos Kalavasis : Topics in educational design N°5 Crisis management and gouvernance of educational units (2013), Diadrassi
in Guy Pelletier : La gouvernance en éducation. Régulation et encadrement dans les politiques éducatives, (2009) Perspectives en éducation et formation, De Boeck
in Michèle Garant et Caroline Letor, "Encadrement et leadership. Nouvelles pratiques en éducation et formation, Louvain-la-Neuve, De Boeck supérieur
(dir) Que savent les élèves ?, Revue internationale d’éducation, (2006), Sèvres, n°43
in Marc Fort et Michel Reverchon-Billot, Diriger, animer, piloter un établissement scolaire. Un état du débat. Scéren CRDP de Bourgogne et ESEN de Poitiers. 2006
in Lucine Criblez et Rita Hofstetter, La formation des enseignant(e)s primaires. Histoire des réformes actuelles. Éditions Peter Lang, Berne.2000
in Guy Pelletier. L’évaluation institutionnelle de l’éducation : défi, ouverture et impasse. Éditions de l’AFIDES, Montréal, 1998
in Guy Pelletier & Richard Charron. Diriger en période de transformation. Éditions de l’AFIDES, Montréal, 1998
in Pierre Legrand. Les maths en collège et en lycée. Hachette éducation, Paris. 1997.
in Françoise Cros et Georges Adamczewski : L'innovation en éducation et en formation, (1996) De Boeck université