Il est envoyé aux Indes néerlandaises pour étudier le béribéri, il y devient directeur du Dokter Djawa School ce qui termine sa courte carrière militaire. Ses premières recherches mettent à mal un certain nombre de théories sur le métabolisme et la physiologie comparée des Européens et des Indonésiens. Elles démontrent que ces théories n'ont aucune base scientifique. Ses études sur la numération globulaire, le sérum sanguin, le métabolisme respiration, la régulation de température, entre autres, ne montrent aucune différence entre les Européens et les Indonésiens.
Son travail le plus connu est en partie accidentel, il remarque les symptômes du béribéri chez des poulets dont l'alimentation a été modifiée temporairement (l'implication d'un facteur nutritionnel comme cause du béribéri avait été suspectée précédemment par Takaki Kanehiro). Il arrive à en faire remonter la cause au riz qui pendant un certain temps avait été décortiqué. Nourris au riz blanc, les poulets avaient développé le béribéri, en 1912 Kazimierz Funk isolera de la cuticule du riz la thiamine, source de la carence. Cette découverte valut à Eijkman la moitié du prix Nobel de physiologie ou médecine de 1929 (l'autre moitié a été remise à Frederick Gowland Hopkins) « pour sa découverte de la vitamine antineuritique »[1].
Dans les années 1960, le gouvernement indonésien, faute de fonds, avait fermé l'Eijkman Instituut de Jakarta. En 1990, l'Indonésie a créé un nouvel « Institut Eijkman de biologie moléculaire » dans les locaux de l'ancien Eijkman Instituut.
(en) Biographie sur le site de la fondation Nobel (le bandeau sur la page comprend plusieurs liens relatifs à la remise du prix, dont un document rédigé par la personne lauréate — le Nobel Lecture — qui détaille ses apports)
