La classification APG II (2003), ou classification phylogénétique, est une classification botanique des angiospermes établie selon les travaux de l'Angiosperm Phylogeny Group.
APG II est la deuxième classification publiée par ce groupe, après la classification APG, la troisième étant la classification phylogénétique APG III (2009).
À la différence de la classification classique -qui s'appuie principalement sur des similarités morphologiques et physiologiques, notamment sexuelles, des êtres vivants-, APG II est construite à la base de deux gènes chloroplastiques et un gène nucléaire de ribosome, mais ces données sont complétées dans quelques cas par d'autres données[réf. nécessaire].
Les groupes principaux établis par cette classification sont les clades monophylétiques suivants, qui n'ont pas été remis en cause par APG III :
N.B. Ici, les noms scientifiques des familles présument une date de départ au (date de publication du Genera Plantarum de Jussieu). Ce choix ne se conforme pas au Code de Saint Louis (2000), mais vient se conformer au Code de Vienne (2006).
N.B.2 Ici, deux noms sont retenus : (Potamogetonaceae et Cornaceae), en anticipation des propositions pour superconserver ces noms. N'est pas retenu Amaryllidaceae lato sensu (pour la famille qui est appelée ici Alliaceae), étant entendu que Meerow & al. proposent de conserver Amaryllidaceae au-dessus de Alliaceae. Ici, Amaryllidaceae est utilisé seulement stricto sensu.
* = nouvel emplacement pour cette famille (changé depuis la classification APG);
= nouvel ordre (changé depuis la classification APG);
§ = nouvelle définition (voir texte de APG II).
Les familles en "[...]" sont des alternatives acceptables et monophylétiques. Elles peuvent être utilisées, optionnellement, au lieu de la définition lato sensu préférée ici.
L'ordre Ceratophyllales est rattaché à la base des dicotylédones vraies, mais n'appartient pas à celles-ci.
NB: en APG II l'anglais est "commelinids" mais c'était "commelinoids" en APG.
Quand un genre est le genre type d'un nom de famille, ce nom de famille est donné ici.