Il revient au gouvernement en 2005, au poste de ministre fédéral de l'Agriculture. Il échoue, deux ans plus tard, à se faire élire président de la CSU.
Il passe avec succès son Mittlere Reife en 1965 et entreprend alors une formation au sein de l'administration de la ville d'Eichstätt, une petite ville dans le centre du Land de Bavière. Il la termine en 1967 et s'inscrit aussitôt à l'École de gestion administrative.
Rejoignant la Junge Union (JU) en 1969, il achève son cursus l'année suivante. Il intègre alors la préfecture d'Ingolstadt. Il adhère à la CSU en 1971 et devient en 1974 directeur du bureau de la planification de la région d'aménagement d'Ingolstadt.
En 1979, il s'inscrit à l'Académie d'administration et d'économie. Il en ressort avec le grade de directeur de gestion.
Débuts et ascension en politique
À l'occasion des élections fédérales du 5 octobre 1980, la CSU l'investit dans la 202e circonscription fédérale. Il y totalise 106 112 voix, soit 65,5 % des suffrages exprimés[1]. Triomphalement élu au Bundestag à 31 ans, il démissionne de la fonction publique. Les élections anticipées du 6 mars 1983 lui permettent de remporter 115 488 suffrages, soit 68,8 % des exprimés[2]. Il est ensuite choisi comme porte-parole pour la Politique sociale du groupement régional de la CSU.
Il connaît un nouveau recul au cours des élections fédérales du 2 décembre 1990, puisqu'il obtient 98 879 suffrages, soit 62,6 % des voix exprimées[4]. Il est maintenu dans l'exécutif.
Dès l'année suivante, il fait voter par le Bundestag une loi fédérale sur la structure du système de santé, qui contraint les services sanitaires à une sévère rigueur budgétaire. En 1994, critiqué à cause du manque d'informations concernant des produits sanguins contaminés par le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), il décide de dissoudre l'Office fédéral de la Santé (BGA).
Il enchaîne un cinquième mandat parlementaire avec les élections fédérales du 16 octobre 1994. Il remporte en effet 105 374 voix, soit 62,7 % des exprimés[6]. Le suivant, il est renommé au gouvernement. Il fait approuver deux ans plus tard une loi fédérale réduisant les cotisations sociales.
Un cadre de l'opposition
Si le scrutin du 27 septembre 1998 ne l'empêche pas de retrouver son fauteuil au Bundestag, il accuse un net recul avec un résultat de 97 744 voix, soit 55 % des suffrages en sa faveur[7]. Il est contraint de quitter l'exécutif le , du fait de la victoire du centre-gauche.
Au sein du groupe parlementaire fédéral de la CDU/CSU, il est vice-président, chargé des Affaires européennes, de l'Agriculture et de l'Environnement. En 2000, il prend la présidence de l'Union des employés de la CSU (CSA).
Il est élu pour la huitième fois et dernière fois député fédéral au Bundestag au cours des élections fédérales anticipées du 18 septembre 2005. Sa candidature remporte 121 771 voix, soit 65,9 % des suffrages exprimés par les électeurs de la 218e circonscription fédérale[9],[10].
Le 72e congrès de la CSU, convoqué à Munich en septembre, l'oppose à Erwin Huber, ministre de l'Économie, et Gabriele Pauli, préfète de l'arrondissement de Fürth. Huber, qui dispose de l'appui du futur successeur de Stoiber au gouvernement, Günther Beckstein, s'impose avec 58,2 %, contre 39,1 % à Seehofer. Cela n'empêche pas ce dernier d'être réélu vice-président avec 91,8 % des voix des délégués.
Les élections régionales de 2008 en Bavière tournent à la catastrophe pour la CSU. Touché par des scandales remontant à l'époque Stoiber et par la percée des Électeurs libres (FW), le parti au pouvoir tombe à 43,4 % des voix, un score sans pareil depuis le scrutin de 1954. Pour la première fois depuis 1962, les chrétiens-sociaux n'ont pas de majorité absolue. Beckstein et Huber en tirent les conséquences et renoncent à leurs responsabilités.
Il décide alors de se présenter pour la direction du parti, et du gouvernement, et se voit préféré à Joachim Herrmann, ministre de l'Intérieur, et Thomas Goppel, ministre de la Recherche. Élu président de la CSU avec 90,3 % des voix le , Horst Seehofer est investi ministre-président de Bavière par le Landtag le , par 104 voix sur 187. Il démissionne aussitôt du gouvernement fédéral mais doit attendre le pour quitter le Bundestag.
Il prend donc la tête d'un gouvernement de coalition avec le Parti libéral-démocrate (FDP), qui n'avait plus siégé dans un gouvernement bavarois depuis 1962. Le libéral Martin Zeil, ministre de l'Économie, devient vice-ministre-président ; si Herrmann reste ministre de l'Intérieur, Goppel quitte pour sa part l'exécutif.
Alors que le débat sur l'intégration des musulmans bat son plein en Allemagne, il déclare, en , dans une interview au magazine Focus que le pays n’a « plus besoin d’immigration en provenance d’autre zones culturelles ». Il précise par la suite que ce sont les immigrés provenant de Turquie et des pays arabes qui sont visés par ses propos. Il a alors été accusé par le SPD et les Verts de « flatter bassement le populisme d'extrême-droite »[13].
Au mois de , il est investi par la CSU comme chef de file pour les élections régionales de 2013 en Bavière et candidat dans la 124e circonscription. Le jour du scrutin, il y remporte 61,5 % des voix et se voit élu pour la première fois député au Landtag de Bavière. Parallèlement, sa formation remporte 47,7 % des suffrages exprimés, ce qui lui donne 101 députés sur 180. C'est la troisième fois que le parti remporte une majorité absolue en sièges sans totaliser une majorité absolue de voix.
Il est investi pour un second mandat le , par 100 voix sur 176 et forme alors son second gouvernement, dans lequel il nomme Ilse Aigner, qui lui avait succédé cinq ans plus tôt au gouvernement fédéral, vice-ministre-présidente, ministre de l'Économie, des Médias, de l'Énergie et de la Technologie. Sur les onze ministres de ce nouvel exécutif, cinq sont des femmes, ce qui constitue un record en Bavière. Il participe le suivant au Bundestag à la cérémonie de signature de l'accord de la nouvelle « grande coalition » fédérale.
Pour Stefan Meister, spécialiste de la Russie et de l’Europe orientale à la Deutsche Gesellschaft für Auswärtige Politik, les intérêts des grands groupes bavarois comme Siemens ou BMW en Russie font de la CSU un parti attentif aux relations avec la Russie. Reçu par Vladimir Poutine en 2016, Horst Seehofer est favorable à la levée des sanctions prises après l'invasion de la Crimée en 2014[15].
Il indique le son intention de démissionner de la direction du gouvernement de Bavière, tout en conservant la présidence de la CSU dans le cadre des négociations pour reconstituer la grande coalition fédérale. Critiqué en interne pour le faible score obtenu par l'Union chrétienne-sociale aux élections législatives fédérales, la percée de l'AfD dans le Land et ne pas avoir su peser sur la politique migratoire de la chancelière, il sera remplacé en par son ministre des Finances Markus Söder, perçu comme un « dur » au sujet de l'immigration[17].
En , il est au centre d'une crise gouvernementale portant sur les questions de la crise migratoire où en opposition à Angela Merkel il propose de refouler aux frontières tous les demandeurs d'asile ayant été enregistrés dans un autre pays de l'Union européenne[18],[19]. La position de Horst Seehofer est interprétée comme une tentative pour limiter les dommages causés par l'alliance de son parti avec la CDU alors que celui-ci est soumis à la concurrence du parti Alternative pour l'Allemagne sur les enjeux migratoires[20].
Le , il annonce lors d'une réunion à huis clos de la CSU sa volonté de remettre sa démission de la présidence du parti et du ministère fédéral de l'Intérieur[21]. Il y renonce dès le lendemain, après une rencontre au sommet avec la chancelière. Tous deux se mettent d'accord sur des mesures visant à réduire l'immigration illégale : désormais, les demandeurs d'asile arrivant en Allemagne mais déjà enregistrés dans un autre pays de l'Union européenne sont détenus dans des centres de transit installés aux frontières du pays avant d'être renvoyés dans leurs pays d'enregistrement. Ces retours seront organisés conformément à des accords conclus avec les États concernés. Cet ensemble de décisions doit encore être validé par le Parti social-démocrate d'Allemagne (SPD), partenaire de la CDU/CSU[22]. Finalement, il indique le son intention de renoncer à la présidence de la CSU, quelques semaines après qu'Angela Merkel a pris une décision identique pour la CDU. Il souhaite cependant conserver son poste au sein du gouvernement fédéral.
Vie privée
De confession catholique, il est marié en secondes noces avec Karin Seehofer, et père de quatre enfants, dont une fille issue d'une relation adultère. Il réside avec sa famille dans le quartier de Gerolfing, à Ingolstadt.
Il a été hospitalisé en à cause d'une myocardite, potentiellement mortelle, qu'il a attribuée à une surcharge de travail.
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