Fils d'Isaac Rodrigues Pereire, courtier et assureur maritime à Bordeaux, et de Rebecca Lopès-Fonseca ; petit-fils du savant, linguiste et orthophoniste Jacob Rodrigue Pereire ; il est le frère cadet d'Émile Pereire, qui sera étroitement mêlé à sa fortune et à toutes ses opérations financières.
Il s'installe à Paris, accueilli par son oncle Isaac Rodrigues-Henriques.
Il est l'un des premiers administrateurs de la Compagnie du chemin de fer de Lyon, et crée le type des obligations de chemin de fer 3 0/0, adopté depuis par toutes les grandes compagnies.
Il est membre du Comité parisien de la Banque ottomane de 1863 à 1868.
Conseiller général de Perpignan, il est élu le , député au Corps législatif par l'unique circonscription des Pyrénées-Orientales. Cette élection ayant été invalidée, Pereire est réélu le suivant. Il siège dans la majorité dynastique.
Il donne au journal La Liberté dont il avait acheté un très grand nombre d'actions en 1875, et qui appartient par la suite à son fils, Gustave Pereire, des articles remarqués sur les questions économiques ; il crée un prix de 100 000 francs pour le meilleur mémoire sur le paupérisme ; et, en souvenir de son grand-père, Jacob Rodrigue Pereire, précurseur en orthophonie, il fonde en 1875 une école de sourds-muets à Paris.
Vie familiale
Isaac épouse en premières noces Rachel da Fonseca, d'où notamment :
