Le éclate, en Algérie, une violente contestation qui entraîne des réformes politiques sans précédent. Le soulèvement populaire commence à Alger, puis s’étend dans tout le pays. Lors des manifestations, les participants s’attaquent aux symboles de l’État comme les propriétés du parti unique (FLN - le Front de Libération nationale), les mairies et les postes de police. Les principales causes des événements sont la détérioration des conditions de vie : le chômage endémique, l'effondrement de l'économie, l'exclusion, les privations et la bureaucratie. Dès le 6 octobre, le président Chadli Bendjedid proclame l'état de siège et en confie la responsabilité au général Khaled Nezzar. Ce dernier aurait donné le feu vert aux forces armées de tirer sur les manifestants à Alger. Plus de 500 personnes, manifestants civils, trouvent la mort et 15 000 autres sont arrêtés. Pour justifier le nombre important de manifestants tués le , Nezzar déclare que ses hommes n’étaient pas formés pour ce genre de mission et qu’il y avait un manque de moyens[2].
Ministre de la Défense
Le , Khaled Nezzar est le principal artisan du coup d'État qui interrompt le processus électoral qui aurait certainement conduit le Front islamique du salut (FIS), parti islamiste, au pouvoir. Le président Chadli Bendjedid démissionne la veille et un Haut Comité d'État (HCE) est mis en place. C'est le coup d'État des « janviéristes ». De 1992 à 1994, Khaled Nezzar est l'un des cinq membres de ce Haut Comité d'État (HCE) présidé par Mohamed Boudiaf. Après l'assassinat de ce dernier, le , Ali Kafi, représentant du FLN le remplace à la présidence du HCE, dont le général Nezzar reste le principal membre. L'Algérie connaît alors une période de guerre civile qui dura environ 10 ans. Cette guerre civile, fait selon les estimations, entre 60 000 et 200 000 morts ou disparus.
Khaled Nezzar échappe à un attentat le : un fourgon bourré d'explosifs est mis à feu à distance au passage de son cortège, l'explosion n'a pas fait de victimes[3]. Il se retire de la vie politique à l'arrivée de Liamine Zeroual la même année.
Après son départ de la vie politique
Affaire Souaïdia
Le général Nezzar porte plainte pour diffamation contre Habib Souaïdia, auteur du livre La sale Guerre publié en 2001, et dénonçant l'utilisation de la torture par l'armée et d'exécutions extrajudiciaires. L'éditeur étant français et l'auteur résidant en exil en France, c'est le tribunal correctionnel de Paris qui est saisi. Il se prononce pour la relaxe de Souaïdia.
Affaire TRIAL
Arrêté à Genève le à la suite d'une dénonciation de l'ONG TRIAL, puis à la plainte de deux victimes, l'accusant de crimes de guerre commis durant les premières années de la guerre civile algérienne (1992-2000). Khaled Nezzar est entendu deux jours durant par le ministère public de la Confédération (MPC). Il est remis en liberté sur la promesse de participer à la suite de la procédure[4]. Invoquant son immunité, le général Nezzar conteste la procédure ouverte à son encontre.
Le , le Tribunal pénal fédéral suisse rend une décision[5] considérant qu'il est exclu d'invoquer une immunité pour des faits si graves qu’ils pourraient constituer des crimes internationaux, en l'occurrence des crimes de guerre. Toutefois, en , le parquet suisse décide de classer l'affaire[6]. La décision est cassée en par le Tribunal pénal fédéral ; ce dernier estime en effet que les conditions de la notion de conflit armé telles que définies par le CICR sont remplies[7]. La procédure pénale va dès lors reprendre.
Le ministère public de la Confédération suisse (MPC) procède à l’audition finale de M. Nezzar le 4 février 2022[9],[10] puis transmet le 28 août 2023 un acte d'accusation au Tribunal pénal fédéral (TPF) pour des faits de « crimes de guerre – actes de torture, traitements inhumains, détentions et condamnations arbitraires –, ainsi que des crimes contre l’humanité sous forme d’assassinats » commis entre janvier 1992 et janvier 1994[11]. À la suite de cette annonce, le ministre algérien des Affaires étrangères, Ahmed Attaf, dénonce une « lecture révisionniste, par la justice suisse, de la bravoure du combat solitaire que l’Algérie a mené contre le terrorisme »[12].
Le , le tribunal militaire de Blida a émis des mandats d'arrêt internationaux à l'encontre de Khaled Nezzar, de son fils Lotfi et de Farid Benhamdine, homme d'affaires proche de Khaled Nezzar[13]. Ils sont accusés de complot et d'atteinte à l'ordre public[14].
Le , il diffuse une vidéo où il appelle l'armée au soulèvement[13]. La tentative de censure de cette vidéo provoque le blocage de YouTube et de Google en Algérie[15].
Le procès a eu lieu le [16] en l'absence de Khaled Nezzar, de son fils Lotfi Nezzar et de Farid Benhamdine. Considérés en état de fuite, le tribunal militaire de Blida prononce une peine de 20 ans de prison à leur encontre[17].
Le , il rentre en Algérie et rejoint son domicile sans être arrêté. Ni Nezzar ni les autorités n'ont fourni une communication pour justifier cet état de fait[18].
