Ce genre appartient à l'ordre des Spirochaetales et à la famille des Leptospiraceae qui est divisée en trois genres : Leptonema, Leptospira et
Turneria.
Selon une première classification taxinomique (valable jusque ), fondée sur la pathogénicité des espèces et sur la reconnaissance antigénique testée sur le lapin, le genre Leptospira comprend 3 espèces :
Leptospira interrogans ; Cette espèce inclut toutes les souches pathogènes connues pour l’homme et/ou l’animal. Un caractère spécifique à cette espèce est qu'elle ne se développe pas à 13 °C (contrairement aux deux autres). En outre, cette bactérie est tuée par 250 mcg/ml de 8-azaguanine[2],[3], à la différence de L. biflexa qui y résiste. On a identifié (2004) 25 sérogroupes différents au sein de cette espèce, dont 6 seraient épidémiologiquement importants en France (Icterohaemorrhagiae, Canicola, Autumnalis, Australis, Grippotyphosa et Pyogenes) (ANDRE-FONTAINE G et al., 1994).
Leptospira biflexa, qui se développe optimalement à 13 °C, ce qui n'est pas le cas de L. interrogans . Cette espèce regroupe diverses souches, toutes saprophytes, non pathogènes et isolées dans l'eau, les sédiments ou la boue, voire dans l'homme ou certains animaux ; Cette espèce est résistante à la 8-azaguanine (ce qui la différencie de Leptospira interrogans et Leptospira parva qui ne le sont pas)
Leptospira parva, qui se développe également optimalement à 13 °C, réputée non-pathogène et trouvée dans l'eau (ANDRE-FONTAINE G et GANIERE JP, 1992). Cette bactérie est tuée par 250 mcg/ml de 8-azaguanine, à la différence de L. biflexa qui y résiste [3],[2]. Attention ; en raison de caractères phénotypiques spécifiques et à la suite des études d’hybridation ADN-ADN, cette espèce Leptospira parva a été classée dans un nouveau gende : « Turneria » ; L'espèce ne fait donc plus partie du genre Leptospira (depuis ).
Après , la taxonomie des leptospires évolue (sur la base d'études d’hybridation ADN-ADN) et démontre l’existence de :
cinq nouvelles génomospecies au sein de l'espèce Leptospira interrogans (Leptospira weilii, Leptospira santarosai, Leptospira noguchii, Leptospira borgpetersenii, Leptospira kirshneri[4])
2 nouvelles génomospecies au sein de l’espèce Leptospira biflexa (Leptospira meyeri, Leptospira inadai)
En 1998, Perolat P et al. ont proposé l’espèce Leptospira fainei.
En 1999, Brenner DJ et al. ont validé l’espèce Leptospira alexanderi.
En 2004, on compte 12 espèces dans ce genre, et 4 génomospecies étaient en attente d'être nommées.
En 2019, la méthode du cgMLST a permis de faire état de 42 espèces de leptospires au total[5].