Il est né et a grandi à Prague en Tchécoslovaquie. Son père, fervent partisan du sionisme, essaye de rassembler de l'argent durant les années 1930 pour rejoindre la Palestine alors sous mandat britannique. Le , la famille Bauer y émigre.
Yehuda Bauer poursuit sa scolarité à Haifa et à 16 ans, inspiré par son professeur d'histoire, Rachel Krulik, décide de se consacrer aux études d'histoire. Tout en poursuivant le lycée, il rejoint le Palmach, les unités armées du mouvement clandestin sioniste Haganah. Il obtient une bourse britannique et part pour l'université de Cardiff au pays de Galles. Il y interrompra ses études pour retourner se battre lors de la guerre israélo-arabe de 1948 avant de repartir à Cardiff pour obtenir son diplôme.
Bauer retourne ensuite en Israël où il intègre le kibboutz Shoval et commence des études à l'université hébraïque de Jérusalem et il y obtint un doctorat en 1960 avec une thèse sur le mandat britannique en Palestine. L'année suivante, il commence à enseigner à l'Institut juif contemporain à l'université hébraïque.
Il siège alors au comité central du Mapam, alors un parti sioniste marxiste et un visiting professor à l'université Brandeis, l'université Yale, le Richard Stockton College et l'université Clark. Il est le fondateur et rédacteur du Journal pour les études sur la Shoah et le génocide et est membre du conseil éditorial de l'Encyclopédie de la Shoah, publiée par Yad Vashem en 1990.
Bibliographie
1996 : Juifs à vendre ? Les Négociations entre nazis et Juifs, 1933-1945
