Hasil penyidikan kasus tujuh yayasan Soeharto menghasilkan berkas setebal 2.000-an halaman. Berkas ini berisi hasil pemeriksaan 134 saksi fakta dan 9 saksi ahli, berikut ratusan dokumen otentik hasil penyitaan dua tim yang pernah dibentuk Kejaksaan Agung, sejak tahun 1999
Uang negara Rp400 miliar mengalir ke Yayasan Dana Mandiri antara tahun 1996 dan 1998. Asalnya dari pos Dana Reboisasi Departemen Kehutanan dan pos bantuan presiden. Dalam berkas kasus Soeharto, terungkap bahwa Haryono Suyono, yang saat itu Menteri Negara Kependudukan dan Kepala Badan Koordinasi Keluarga Berencana Nasional, mengalihkan dana itu untuk yayasan. Ketika itu, dia masih menjadi wakil ketua di Dana Mandiri. Bambang Trihatmodjo, yang menjadi bendahara yayasan ini, bersama Haryono, ternyata mengalirkan lagi dana Rp400 miliar yang telah masuk ke yayasan itu ke dua bank miliknya, Bank Alfa dan Bank Andromeda, pada 1996-1997, dalam bentuk deposito.
Dari data dalam berkas Soeharto, Bob Hasan paling besar merugikan keuangan negara, diduga mencapai Rp 3,3 triliun. Hal ini juga terungkap dari pengakuan Ali Affandi, Sekretaris Yayasan Supersemar, ketika diperiksa sebagai saksi kasus Soeharto. Dia membeberkan, Yayasan Supersemar, Dakab, dan Dharmais memiliki saham di 27 perusahaan Grup Nusamba milik Bob Hasan. Sebagian saham itu masih atas nama Bob Hasan pribadi, bukan yayasan.
Hutomo Mandala Putra, putra bungsu Soeharto bersama bersama Tinton Suprapto, pernah memanfaatkan nama Yayasan Supersemar untuk mendapatkan lahan 144 hektare di Citeureup, Bogor, guna pembangunan Sirkuit Sentul. Sebelumnya, Tommy dan Tinton berusaha menguasai tanah itu lewat Pemerintah Provinsi Jawa Barat, tetapi gagal. Selain itu, dua anak lainnya yakni Bambang Trihatmodjo juga menguasai lahan ribuan hektare melalui PT Bukit Jonggol Asri dan PT Bimantara di wilayah Jonggol, Bogor seperti di desa Singajaya, Sukamaju, Pabuaran, Selawangi, Sukadamai, Sukarasa dan Sukawangi yang di bebaskan oleh Pemprov Jawa Barat dan Pemerintah Kabupaten Bogor. Sementara Putri Bungsu Soeharto, Siti Hutami Endang Adiningsih menguasai lahan sekitar 2000 hektare yang tersebar disekitar Cileungsi seperti Klapanunggal, Setusari, Bojong, serta di Jonggol seperti Singasari, dan Cibodas. Soeharto dituduh oleh sebagian orang seperti Ferdinand Marcos, mantan Presiden Filipina dan Mobotu Sese Seko, mantan Presiden Zaire. Estimasi jumlah nominal yang dituduhkan dikorupsi oleh Soeharto berkisar di $15 miliar sampai $35 miliar.[1] Namun, hal ini akhirnya digugat oleh Presiden Soeharto dan Majalah Time kalah dan dihukum membayar ganti rugi sebesar Rp1 Triliun.[2] Meskipun akhirnya ganti rugi ini dibatalkan dalam putusan kasasi di Mahkamah Agung.
