Kota Istimewa (特例市 （とくれいし) Tokureishi) Jepang adalah kota-kota yang mempunyai jumlah populasi penduduk sekitar 200,000 orang dan berfungsi untuk menjalankan peranan kepada pemerintah kota seperti yang telah ditetapkan oleh kota inti.

Kategori ini telah dibentuk oleh Undang-undang Otonomi Daerah, Pasal 252 ayat 26. Di mana isinya telah ditetapkan oleh Badan Kabinet Jepang seperti yang diminta oleh Dewan Pemerintah Kota dan Pemerintah Provinsi.

Kota-kota istimewa ini tidak sama seperti Distrik kota istimewa Tokyo.

Daftar Kota-kota Istimewa

Sekarang, ada terdapat 40 buah kota yang telah ditetapkan sebagai Kota Istimewa.

Kawasan	Prefektur	Kota Istimewa	tanggal kota dibentuk	Nota
Tōhoku	Prefektur Aomori	Hachinohe	01-04-2001
	Prefektur Yamagata	Yamagata	01-04-2001
Kantō	Prefektur Ibaraki	Mito	01-04-2001
		Tsukuba	01-04-2007
	Prefektur Gunma	Takasaki	01-04-2001
		Isesaki	01-04-2007
		Ōita	01-04-2007
	Prefektur Saitama	Kawaguchi	01-04-2001	Bandar istimewa yang mempunyai kapasiti penduduk yang paling ramai
		Tokorozawa	01-04-2002
		Koshigaya	01-04-2003
		Sōka	01-04-2004
		Kasukabe	01-04-2008
		Kumagaya	01-04-2009
	Prefektur Kanagawa	Odawara	01-11-2000
		Yamato	01-11-2000
		Hiratsuka	01-04-2001
		Atsugi	01-04-2002
		Chigasaki	01-04-2003
Chūbu	Prefektur Niigata	Jōetsu	01-04-2007
		Nagaoka	01-04-2007
	Prefektur Fukui	Fukui	01-11-2000
	Prefektur Yamanashi	Kōfu	01-11-2000	Bandar istimewa yang mempunyai kapasiti penduduk yang paling sedikit
	Prefektur Nagano	Matsumoto	01-11-2000
	Prefektur Shizuoka	Numazu	01-11-2000
		Fuji	01-04-2001
	Prefektur Aichi	Kasugai	01-04-2001
		Ichinomiya	01-04-2002
Kinki	Prefektur Mie	Yokkaichi	01-11-2000
	Prefektur Osaka	Toyonaka	01-04-2001
		Suita	01-04-2001
		Hirakata	01-04-2001
		Ibaraki	01-04-2001
		Yao	01-04-2001
		Neyagawa	01-04-2001
		Kishiwada	01-04-2002
	Prefektur Hyōgo	Akashi	01-04-2002
		Kakogawa	01-04-2002
		Takarazuka	01-04-2003
Chūgoku	Prefektur Hiroshima	Kure	01-11-2000
	Prefektur Tottori	Tottori	01-10-2005
Kyūshū	Prefektur Nagasaki	Sasebo	01-04-2001

Bekas kota istimewa yang kini menjadi kota utama atau kota terorganisir

• Hakodate (Hokkaidō)

  Menjadi kota istimewa pada 1 November 2000, serta mendapat status kota inti pada 1 Oktober 2005

• Shimizu (Prefektur Shizuoka )

  Menjadi kota istimewa pada 1 April 2001; pada 1 April 2003, kota ini telah bergabung dengan bekas kota inti Shizuoka untuk membentuk kota utama baru Shizuoka; dan akhirnya mendapat status kota terorganisir pada 1 April 2005. Bekas kota Shimizu merupakan satu-satunya kota yang pernah menjadi kota biasa, kota istimewa, kota utama, serta kota terorganisir.

• Shimonoseki (Prefektur Yamaguchi)

  Menjadi kota istimewa pada 1 April 2002; kemudian diturunkan status kota khusus ketika kota Shimonoseki bergabung dengan bekas kota Kikugawa, Toyota, Toyoura, dan Hōhoku untuk membentuk kota baru Shimonoseki; akhirnya mendapat status kota utama pada tahun 2005.

• Morioka (Prefektur Iwate)

  Menjadi kota istimewa pada 1 November 2000; mendapat status kota inti pada 1 April 2008.

• Kurume (Prefektur Fukuoka)

  Menjadi kota istimewa pada 1 April 2001; mendapat status kota utama pada 1 April 2008.

Kota-kota yang telah memenuhi syarat kelayakan tetapi masih belum lagi dibentuk menjadi kota istimewa

Berikut ini merupakan kota-kota istimewa yang mempunyai tingkat populasi penduduk melebihi 200,000 orang tetapi masih belum lagi dibentuk untuk dijadikan sebagai kota istimewa (Kota-kota yang diperkirakan bakal menjadi kota istimewa tidak didaftarkan disini)