Malesia, dalam biogeografi, adalah sebutan bagi wilayah yang membentang dalam zona ekologi Indomalaya hingga Australasia.
Van Steenis mendefinisikan secara geografis sebagai
| “ | "membentang di seluruh kepulauan Nusantara terus hingga Kepulauan Bismarck, dari 95° - 153° BT. ... yang memotong Semenanjung Malaysia di bagian utara, sehingga sebagian kecil Thailand masuk ke dalam Malesia, dan dibatasi secara botani pada 20° LU sebelah utara Filipina, dan 10° LS di Selat Torres, di antara Pulau Irian dan Australia.".[1] | ” |
Dengan demikian, sebagai provinsi floristik, wilayahnya meliputi bagian barat di mulai dari Malaysia, Indonesia, Singapura, Brunei, Filipina, dan Papua Nugini, hingga bagian timur berbatasan dengan zona ekologi Australasia, yang dibagi berdasarkan wilayah flora tropis yang umumnya berasal dari Asia. Namun, terdapat juga berbagai elemen flora Antartika, termasuk pula berbagai jenis tanaman hutan dari wilayah selatan dalam keluarga Podocarpaceae dan Araucariaceae.
Malesia bagian barat terpengaruh zona ekologi Indomalaya. Wilayah ini memiliki fauna mamalia besar Asia karena pernah terhubung dengan Asia sebagai Daratan Sunda (Sundaland) hingga Zaman Es berakhir. Garis Wallace membatasi batas timur zona Indomalaya.
Bagian timur Malesia, yang mencakup Pulau Irian, Kepulauan Aru, dan Kepulauan Bismarck berhubungan dengan daratan Australia oleh perairan yang dangkal yang dulu merupakan tanah genting hingga Zaman Es berakhir. Akibatnya banyak hewan mamalia berkantung dan burung tipe Australia yang dapat dijumpai. Bagian provinsi floristik ini juga memiliki banyak tambahan elemen-elemen flora Antartika, seperti Nothofagus dan Eucalyptus.
Pulau-pulau di kedua zona tersebut, yaitu Pulau Sulawesi, Nusa Tenggara (Kepulauan Sunda Kecil, tidak termasuk Bali), dan sebagian besar Maluku, dikenal sebagai Wallacea, yang tidak pernah terhubung langsung dengan benua tetangga. Wilayah ini memiliki flora dan fauna yang termasuk elemen Indomalaya dan Australasia, sekaligus juga jenis-jenis endemik yang tidak dijumpai di kedua bagian zona ekologi tersebut. Filipina juga tidak tersambung ke Asia namun secara umum memiliki kemiripan dengan wilayah di sebelah barat.
