Simulazione del docking di un ligando

La chimica computazionale è quella branca della chimica teorica che si occupa dello sviluppo di modelli matematici, basati sia sulla meccanica classica sia sulla meccanica quantistica, in grado di simulare sistemi chimici, con lo scopo di calcolarne le grandezze fisiche caratteristiche e prevederne le proprietà chimiche.

La potenza predittiva delle simulazioni è legata in modo stretto alle caratteristiche delle macchine che si hanno a disposizione per il calcolo. Il numero di operazioni floating-point per secondo (FLOPS) e la capacità di memoria sono i parametri più importanti che determinano la possibilità di eseguire simulazioni in tempi ragionevoli. Nonostante già nei primi anni del XX secolo il supporto teorico per la formulazione dei modelli fosse pronto, il grande sviluppo della chimica computazionale si è avuto a partire dagli ultimi decenni del XX secolo, proprio perché si è iniziato a disporre di sistemi hardware sufficientemente potenti.

Applicazioni

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Le utilità delle simulazioni sono molteplici:

Le grandezze che si vogliono calcolare sono numerose. Se ne riportano solo alcune a titolo di esempio:

Metodi

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I metodi impiegati in chimica computazionale possono essere divisi in due sottogruppi in funzione delle modalità descrittive degli atomi e delle molecole:

Metodi classici

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Le caratteristiche molecolari vengono descritte per mezzo di una modellazione della molecola basata sulla elettrostatica e sulla meccanica classica:

Metodi quantomeccanici

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Le caratteristiche molecolari vengono descritte in termini quantomeccanici. I metodi quantomeccanici possono a loro volta essere suddivisi in due sottocategorie: i metodi ab initio (che permettono di studiare un oggetto risolvendo direttamente l'equazione di Schrödinger per l'oggetto in esame) e i metodi semiempirici (che utilizzano, nella risoluzione della equazione di Schrödinger, parametri ottenuti per via sperimentale al fine di evitare un appesantimento eccessivo del calcolo).

Metodi ab initio

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Metodi semi-empirici

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Riviste specializzate in chimica computazionale

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Bibliografia

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Altri progetti

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Collegamenti esterni

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