Il club fu fondato nel 1945 con il nome di Club Deportivo Numancia de Soria, in omaggio alla città celtibera di Numanzia, sul cui sito fu fondata Soria. Trascorse larga parte della propria storia nella terza serie, l'allora Tercera División (oggi Segunda División B).
Senza dubbio la stagione più importante nella storia della società soriana è la 1995-1996, nel corso della quale ottenne importanti successi sia in Coppa del Re sia in campionato. Destò un'enorme sorpresa, infatti, il fatto che una squadra della terza serie fosse capace di eliminare nella coppa nazionale ben tre squadre di Primera División; contro i rossoblù caddero infatti Racing Santander, Sporting Gijón e Real Sociedad. Il Numancia dovette arrendersi soltanto nei quarti di finale contro il Barcellona, riuscendo persino a passare in vantaggio nella partita di ritorno con un momentaneo 0-1.
Le soddisfazioni nel corso di quella stagione, però non si limitarono, ai successi ottenuti in coppa. Infatti la squadra, sotto la guida tecnica di Antonio López, ottenne per la prima volta la promozione in Segunda División. La stagione successiva, 1997-1998, vide il Numancia salvarsi con sofferenza, ma l'anno successivo il club disputò un campionato di vertice, ottenendo la sua prima promozione in Primera.
Dopo due stagioni nella massima serie, la squadra retrocesse al termine della stagione 2000-2001, per poi ottenere una nuova promozione nel 2003-2004 e retrocedere nuovamente in seconda serie la stagione successiva. Analoghe furono le annate 2007-2008 e 2008-2009, conclusesi rispettivamente con la promozione in Primera e la retrocessione in Segunda. Persa la finale dei play-off contro il Real Valladolid nel 2017-2018, nel 2019-2020 la squadra retrocesse in Segunda División B.
Originariamente la squadra disputava le partite casalinghe nello stadio "Los Pajaritos" per poi trasferirsi nel nuovo impianto, il Nuevo Estadio Los Pajaritos terminato nel 1999 e con 9.500 posti.
^abcdefgCampionato diviso in gironi: le squadre meglio posizionate concludono con un girone di play-off. La vincitrice di questo è campione della Segunda División.
^Dal 1951 al 1968 i vincitori dei propri gironi vengono considerati campioni di categoria e non partecipano ai playoff con le altre squadre di Segunda División. Il primo nominato è il vincitore del girone A, il secondo del girone B.
^Non ottiene la promozione in quanto squadra B del Real Madrid.
^Vincitori dei gironi delle qualificate alla fase valida per la promozione.
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