Gli enhancer (chiamati anche intensificatori[1]) sono sequenze di DNA che svolgono il loro ruolo pro-trascrizione attraverso l'associazione con diverse proteine, tra cui diversi fattori coinvolti nell'avvio della trascrizione stessa. Gli enhancers sono sequenze nucleotidiche cis-agenti che esplicano la loro funzione aumentando notevolmente (fino a 1000 volte) la frequenza di trascrizione del gene che controllano. Dal punto di vista strutturale, un enhancer non differisce molto da un promotore: entrambi contengono sequenze base e moduli regolativi che controllano la loro funzione (associandosi a proteine specifiche). Tuttavia, la densità di tali moduli è maggiore negli enhancer in quanto la loro lunghezza media è pari a circa 100 bp (paia di basi).
Gli enhancers non devono necessariamente essere vicini ai promotori: è possibile infatti trovare degli enhancer a parecchie centinaia di migliaia di paia di basi di distanza a valle o a monte del sito d'inizio della trascrizione. In alcuni casi, l'orientamento dell'enhancer può essere invertito senza inficiarne in alcun modo l'attività. In altri casi, è addirittura possibile excidere l'enhancer dal cromosoma, reinserendolo in un'altra posizione, senza che la sua efficienza cali[2].
Sono state proposte due teorie in grado di spiegare le proprietà degli enhancers: