Franssen Herderschee ging in 1892 in dienst van het KNIL en onderscheidde zich meteen in veldslagen die het gevolg waren van de koloniale expansie van Nederland in Nederlands-Indië. Al in 1895, hij was toen nog tweede luitenant, werd hem de Militaire Willems-Orde uitgereikt voor betoonde dapperheid (Koninklijk Besluit van 9 april 1895 nummer 32, voor zijn verrichtingen tijdens de Lombok-Expeditie). Later werd hij officier bij de Topografische Dienst van het leger en was hij actief in Suriname. Voor zijn leiderschap van de Gonini-expeditie in 1903 en de Tapanahony-expeditie in 1904 werd hij wederom gedecoreerd.
Zijn werkterrein werd verlegd naar Nederlands Nieuw-Guinea, waar hij een lid was van de militaire exploratiedetachementen die tussen 1907 en 1915 delen van het nog grotendeels onbekende eiland verkenden. Weer was hij de leider van twee expedities: van een die zonder succes het Centrale Bergland van Nieuw-Guinea trachtte te bereiken via de Mamberamo, een grote rivier die in het binnenland ontspringt en uitmondt aan de noordkust, en in 1912 van de zogenaamde Derde Zuid Nieuw-Guinea Expeditie (1912-1913) die zich vanuit de zuidkust een weg baande naar het binnenland en wel het beoogde doel bereikte.
Franssen Herderschee is de grote onbekende in de exploratiegeschiedenis van Nederlands Nieuw-Guinea. Hij heeft over zijn wederwaardigheden en bevindingen slechts een klein artikel geschreven. De expeditie van 1912-1913 werd niet door hem beschreven, maar door Prof. A.A. Pulle, een bioloog die aan de tocht deelnam, in zijn op een breed lezerspubliek gerichte boek Naar het sneeuwgebergte van Nieuw-Guinea (Amsterdam, 1914). Alleen over de met sneeuw bedekte Wilhelminatop publiceerde hij een klein artikel.
'Alphons Franssen Herderschee (1872-1932)', in: David van Duuren et al., Oceania at the Tropenmuseum. Amsterdam: KIT Publishers, 2011, p. 73.
'Franssen Herderschee', in: A. Wentholt (ed.), In kaart gebracht met kapmes en kompas: met het Koninklijk Nederlands Aardrijkskundig Genootschap op expeditie tussen 1873 en 1960. Heerlen: ABP Public Affairs / Utrecht: KNAG, 2003, pp. 144-7.
