Khartoem werd door de Egyptenaren in 1823 gesticht. De stad werd in 1830 uitgeroepen tot de hoofdstad van Egyptisch Soedan. Later werd ze af en aan inzet van machtsstrijd tussen de Britten en de Fransen; geen van beide wilde Soedan maar geen van beide wilde dat de ander het zou krijgen. In 1885 werd Khartoem veroverd door plaatselijke groepen onder de Mahdi (verbeeld in de film Khartoum), ondanks de aanwezigheid van de Britse generaal Gordon en de nabijheid van een (langzaam) oprukkend Brits leger. Het garnizoen en een deel van de bevolking werden uitgemoord; veel vrouwen en kinderen werden tot slaaf gemaakt. De dood van Gordon veroorzaakte een schandaal in Engeland en leidde tot de val van de regering-Gladstone. Toen het er later op leek dat de Fransen zouden binnentrekken, kwamen de Britten alsnog in actie en heroverden de stad in 1898: zij bleven tot Soedan onafhankelijk werd.
In 1965 werd Khartoem hoofdstad van Soedan.
Op 1 september 1967 wordt hier de zogenaamde Resolutie van Khartoem uitgesproken na een conferentie van de leiders van acht Arabische staten. De conferentie volgde op de Zesdaagse Oorlog tussen Israël en de Arabische wereld. De landen zeggen drie maal neen tegen vrede met Israël: geen onderhandelingen, geen vrede, geen erkenning.
Het verkeer in Khartoem
Industrie
De industrie levert producten als textiel, kunstmest, metaalwaren, cementproducten en voedings- en genotmiddelen.
Voor de gelijknamige staat, zie Khartoem (staat)
