Een stam van een micro-organisme is een verzameling micro-organismen die afstamt van één enkel geïsoleerd micro-organisme. Ieder micro-organisme bezit daardoor exact dezelfde genetische eigenschappen als het oorspronkelijke micro-organisme. De term stam heeft hier niets te maken met het begrip stam zoals gebruikt in de taxonomie.
"Stammen" komen voor bij bacteriën, schimmels (onder andere gisten) en virussen. Virussen worden echter niet tot de micro-organismen gerekend.
Door middel van een reincultuur kan een zuiver isolaat worden verkregen van cellen van één enkele stam. Het kweken van een reincultuur kan dienen voor de identificatie van de stam bij diagnostisch onderzoek of bij taxonomie, of voor toepassing in de industrie en wetenschappelijk onderzoek.
Iedere stam behoort tot een bepaalde soort (bijvoorbeeld Saccharomyces cerevisiae). Als precies bekend is wat de genetische verschillen zijn met die van andere stammen van dezelfde soort, krijgt de stam een eigen naam door toevoeging van een naam of letter-cijfercombinatie aan de soortnaam.
Het DNA van een micro-organisme kan veranderen door spontane mutatie, omgevingsfactoren, contact met een vreemd micro-organisme of door menselijk ingrijpen met behulp van genetische modificatie. Een micro-organisme met veranderde genetische eigenschappen is het begin van een nieuwe stam. Zo'n stam is te beschouwen als een verzameling genetische kopieën van één enkel micro-organisme, die tezamen een variëteit van een soort vormen.
Bacteriestammen worden inmiddels op talloze wijzen benut. Enkele voorbeelden: