Het wapen van Marne-Middelsee werd op 6 maart 1998 bij koninklijk besluit aan het Friese waterschap Marne-Middelsee toegekend. In 2004 ging het waterschap op in het wetterskip Fryslân. Hiermee verviel het wapen.
De blazoenering van het wapen luidt als volgt:
De heraldische kleuren zijn: goud (geel), keel (rood), sinopel (groen) en zilver. Het schild wordt gedekt door een gravenkroon.
De stedekroon komt uit het oude wapen van het waterschap De Middelsékrite, evenals de hoofdverdeling van het schild. De twee klavers in het wapen herinneren op hun beurt aan de klavervormen uit het waterschapswapen van It Marnelân, ook zijn de buitenste twee delen uit de vijfdelige schildzoom van het wapen van It Marnelân gebruikt, zij symboliseren de polderbedijking.
In de ingebogen punt komt het plompeblêd (meerblad) uit het wapen van De Middelsékrite voor, al is het nu geplaatst op een zilveren achtergrond, dat symbool staat voor schoon, zuiver water. De golvende dwarsbalk verwijst naar het waterschap en de Marne.[2]