Fuglekoloni er ei stor samling av ein eller fleire artar av fuglar som lever, lagar reir og/eller ynglar tett samen. Dersom fuglane hekkar i store mengder på ein stad kan ein kalla kolonien ein hekkekoloni. Ein kan finna fuglekoloniar på innsjøar, strender, grasslette,et våtmarksområde eller fuglefjell. Dei kan vera viktige område for mange fuglar under fugletrekke.
Artar som ikkje forsvarar eit territorium med omsyn til føde, som havfuglar og seglarfuglar, ynglar ofte i koloniar. Dette blir rekna for å gje dei vern mot predatorar. Kolonirugande fuglar forsvarar berre sjølve reirplass, og konkurransen mellom og innan artane om desse reirplassane kan vera kjempestor.[1] Nokre døme på kolonirugande fuglar er måkar, skarvar alkefuglar og albatrossar, pingvinar, hegrar, kornkråker og sandsvaler. Hekkekoloniene gjenoppstår som regel kvart år på dei same stadane, så lenge habitatet held seg, næringstilgangen er god og fuglane ikkje blir forstyrra.
Nokre store hekkekoloniar i Noreg er dei store samlingane med lunde (Fratercula arctica) som trekker inn mot kysten frå havet for å hekka i fuglefjell. På Røst i Lofoten hadde kolonien av lundar opp mot 1,4–1,5 millionar par på sitt mest talrike i 1979.[2]