Kalahari har lite nedbør, rundt 76–190 mm i året. Nokre delar kan likevel få over 250 millimeter. Einaste elva som renn inn i området er Okavango, som dannar eit innlandsdelta her. Medan store delar av Kalahari er ekte ørken hovudsakleg dekt av raud sand, er andre delar rike på plante- og dyreliv. Fleire delar er verna, som Central Kalahari Game Reserve, Khutse Game Reserve og Kgalagadi Transfrontier Park.