Vitskap i 1999 er ei oversikt over hendingar, prisvinnarar, fødde og døde personar tilknytte vitskap i 1999.

• Mars - USA sin ubemanna romsonde Mars Pathfinder byrja på hovudoppdraget: å med hjelp av kamera frå låg høgd å kartlegge heile planeten Mars.
• 16. april - Nytt planetsystem oppdaga i Andromedagalaksen.^[1]
• 26. juni - Romsonden Cassini passerte Venus.^[2]

• 11. august - Ei total solformørking var synleg frå Atlanteren, Europa, sørvestre Asia og India.^[3]
• 18. august - Romsonden Cassini passerte jorda.^[2]
• 3. desember - Den amerikanske romsonden Mars Polar Lander landa på Mars, men på grunn av teknisk feil får markkontrollen i Pasadena ikkje kontakt med sonden.^[4]
• Ukjend dato - For første gongen lukkast astronomar å rekne ut kor raskt universet ekspanderer ved den såkalla Hubblekonstanten.^[1]
• Ukjend dato - For første gong sidan 1979 passerte Neptun nærare sola enn Pluto.^[3]

• 5. april - Malaysia masselakta griser som spreidde hjernehinnebetennelse til menneske. 86 menneske omkom, og 430 000 griser vart slakta.^[1]
• 13. mai - AIDS vart rekna for å vere den største dødsårsaka i Afrika, der han ligg bak kvart femte dødsfall.^[1]
• 7. august - Fattigsjukdommen TBC spreidde seg raskt i Russland, og 42 000 nye tilfelle vart registrert i løpet av årets seks første månader.^[1]

• Bigsbymedaljen: Ali Mehmet Celal Sengor^[5]
• Copleymedaljen: John Maynard Smith
• Davymedaljen: Malcolm Chisholm
• Göran Gustafssonprisen:
  • Molekylær biologi: Thomas Perlmann
  • Fysikk: Per Delsing
  • Matematikk: Johan Håstad
  • Medisin: Göran Akusjärvi
• Ingenjörsvetenskapsakademien delte ut den store gullmedaljen til Gideon Gerhardsson
• Nobelprisen:^[6]
  • Fysikk: Gerardus 't Hooft, Martinus J.G. Veltman
  • Kjemi: Ahmed Zewail
  • Fysiologi/Medisin: Günter Blobel
• Steeleprisen: Michael Crandall, John Forbes Nash, Serge Lang og Richard Kadison
• Turingprisen: Frederick P. Brooks
• Wollastonmedaljen: John Frederick Dewey^[7]

• 25. februar – Glenn T. Seaborg, amerikansk kjemikar og kjernefysikar, nobelprisvinnar i kjemi (fødd 1912)
• 26. mai – Waldo Semon, amerikansk oppfinnar (fødd 1898)
• 11. november – Vivian Ernest Fuchs, engelsk geolog og oppdagar (fødd 1908)