Kenja turkum: Deinococci
Deinococcota
Ilmiy tasnifi e
Olam: Bacteria
Kenja olam: Negibacteria
Boʻlim: Deinococcota

Weisburg et al. 2021[1]
Sinf: Deinococci

Garrity and Holt 2002
Tartib & Turga oid oilalar
  • Deinococcales
    • Deinococcaceae
    • Trueperaceae
  • Thermales
    • Thermaceae
Sinonimlari
  • „Deinobacteria“ Cavalier-Smith 2006
  • „Deinococcobacteria“ Margulis & Schwartz 1998
  • „Deinococcaeota“ Oren et al. 2015
  • „Deinococcota“ Whitman et al. 2018
  • „Deinococcus-Thermus“ Weisburg et al. 1989
  • „Hadobacteria“ Cavalier-Smith 2006
  • „Xenobacteria“

Deinococcota (sinonimi, Deinococcus -Thermus) — bu ekstremofillar sifatida ham tanilgan, atrof-muhitning xavf-xatarlariga yuqori darajada chidamli boʻlgan Deinokokklar sinfiga ega bakteriyalar turkumi hisoblanadi[2]. Bu bakteriyalar qalin hujayra qobigʻilariga ega boʻlib, ularga gramm-musbat dogʻlar beradi, lekin ularning hujayra qobigʻida ikkinchi qavat membranani mavjud boʻlganligi uchun tuzilishi jihatidan gramm-manfiy bakteriyalarga yaqinroq turadi[3][4][5].

Taksonomiyasi

Deinococcota filumi taksonomik jihatdan bitta sinfdan (Deinokokklar) va ikkita tartibdan iborat:

Garchi bu ikki guruh umumiy ajdoddan kelib chiqqan boʻlsa ham, qarama-qarshilikning ikkita mexanizmi asosan mustaqil boʻlib koʻrinadix[13].

Molekulyar belgilari

Konservatsiyalangan imzo indekslari (CSI) va oqsillar (CSPs) koʻrinishidagi molekulyar imzolar (DNKning kichik qismidagi axborot) topildi, ular Deinococcota filumiga mansub barcha aʼzolari tomonidan yagona nushada teng taqsimlangan[14][15]. Ushbu CSI va CSPs oʻziga xos xususiyati tartibni boshqa barcha bakterial organizmlardan ajratib turuvchi xususiyatlari boʻlib, ularning eksklyuziv tarqalishi fiziologiyada kuzatilgan CSI va CSPs, shuningdek, tartib ichidagi ketma-ketlik va oila darajasidagi taksonomik reytinglarni qoʻllab-quvvatlaydigan farqlarga parallel boʻlishi isbotlandi. Tekshiuvlar darajasidagi farqlarni qoʻllab-quvvatlaydigan baʼzi CSI-lar tegishli ekstremofil xususiyatlarda rol oʻynaydi deb baholangan Thermales turlarida DNKga yoʻnaltirilgan RNK polimeraza boʻlinmasi beta va DNK topoizomerazasida topilgan CSI’lar termofillikda ishtirok etishi mumkin,[16]. Deinokokkalar turlarida aniqlangan eksinukleaza ABC, DNK giraza va DNKni tiklash RadA proteinida radiorezistentlik bilan bogʻliq boʻlishi mumkin degan tahminlar mavjud[17]. Deinococcus turiga mansub barcha aʼzolar uchun noyob topilgan ikkita CSP yaxshi xarakterli boʻlib, ularning xarakterli radiorezistent fenotipida muhim ahamiyatga ega deb hisoblanadix. Ushbu CSPlar DNKning zararlanishini tiklaydigan protein PprA, bir zanjirli DNKni bogʻlaydigan DdrB oqsilini oʻz ichiga oladi.

Bundan tashqari, ushbu guruhdagi baʼzi avlodlar, jumladan Deinococclar, Thermus va Meiothermus, shuningdek, ularni guruhning qolgan qismlaridan va boshqa barcha bakteriyalardan ajratish uchun oʻz tarkibi, tuzilishi bilan kerakli vositani taʼminlab, ularning tegishli turlarini oʻz ichiga olgan individual avlodlar sifatida ajratib turadigan molekulyar belgilarga ega hisoblanadi. Truepera radiovictrix uchun maxsus CSI’lar ham topilgan.

Xalqaro tasnifi

16S rRNK asosidagi LTP_01_2022 tasnifi[18][19][20] Genom taksonomiyasi maʼlumotlar bazasi tomonidan GTDB 07-RS207 tasnifi[21][22][23].
 
Thermales
Thermaceae
 
 

"Allomeiothermus"

 
 
 

Calidithermus

 
 

Meiothermus

 
 
 
 
 
 

Rhabdothermus

 
 

Vulcanithermus

 
 
 
 

Oceanithermus

 
 
 

Marinithermus

 
 

Thermus

 
 
 
 
 
 
 
Trueperales
Trueperaceae

Truepera

 
 
Deinococcales
Deinococcaceae
 

Deinobacterium

 
 

Deinococcus

 
 
 
 
 
 
Deinococcales
 
"Marinithermaceae"
 

Marinithermus

 
 

Oceanithermus

 
 
Thermaceae
 
 

"Allomeiothermus"

 
 
 

Calidithermus

 
 

Meiothermus

 
 
 
 

Thermus

 
 
 
 
Trueperaceae

Truepera

 
Deinococcaceae
 
 

Deinobacterium

 
 

Deinococcus species-group 2

 
 
 

Deinococcus

 
 
 
 
 

Taksonomiyasi

Hozirgi vaqtda qabul qilingan taksonomiya Nomenklaturada (LPSN)[24] va Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI)[25] bilan prokariotik nomlar roʻyxatiga asoslangan holda yaratilgan.

Ketma-ket genomlari

Hozirgi vaqtda ushbu boʻlimda 10-ta ketma-ket genomlar mavjud hisoblanadi[26].

Meiothermus turkumiga oid ikkita turi bakteriya va arxeya genomik entsiklopediyasi (GEBA) loyihasi homiyligida sekvensiyalangan boʻlib, u organizmlarni patogenlik yoki saprofitlikka emas, balki filogenetik yangilikka asoslangan holda tartiblashga qaratilgan hisoblanadi[27].

Yana qarang

Manbalar

  1. ↑ Oren A, Garrity GM (2021). „Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes“. Int J Syst Evol Microbiol. 71 (10): 5056. doi:10.1099/ijsem.0.005056. PMID 34694987. S2CID 239887308.
  2. ↑ „Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus–Thermus phylum“ (PDF). Int. Microbiol. 10-jild, № 3. 2007-yil sentabr. 201–8-bet. PMID 18076002. 2011-06-14da asl nusxadan (PDF) arxivlandi. ((cite magazine)): sana kiritilishi kerak boʻlgan parametrga berilgan qiymatni tekshirish lozim: |date= (yordam)
  3. ↑ „Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes“. Antonie van Leeuwenhoek. 100-jild, № 2. 2011. 171–182-bet. doi:10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647. PMID 21717204.
  4. ↑ „Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria“ (PDF). Arch Microbiol. 196-jild, № 4. 2014. 307–310-bet. doi:10.1007/s00203-014-0964-4. PMID 24535491.
  5. ↑ „A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture“. Trends Microbiol. 18-jild, № 10. 2010. 464–470-bet. doi:10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID 20637628.
  6. ↑ 6,0 6,1 „Truepera radiovictrix gen. nov., sp. nov., a new radiation resistant species and the proposal of Trueperaceae fam. nov“. FEMS Microbiol Lett. 247-jild, № 2. 2005. 161–169-bet. doi:10.1016/j.femsle.2005.05.002. PMID 15927420.
  7. ↑ 7,0 7,1 Garrity GM, Holt JG. (2001) Phylum BIV.
  8. ↑ 8,0 8,1 Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005) Phylum BIV.
  9. ↑ name="pmid27506333">„Identification of distinctive molecular traits that are characteristic of the phylum "Deinococcus–Thermus" and distinguish its main constituent groups“. Syst Appl Microbiol. 39-jild, № 7. 2016. 453–463-bet. doi:10.1016/j.syapm.2016.07.003. PMID 27506333.
  10. ↑ „Why is Deinococcus radiodurans so resistant to ionizing radiation?“. Trends Microbiol. 7-jild, № 9. 1999. 362–5-bet. doi:10.1016/S0966-842X (99)01566-8. PMID 10470044. ((cite magazine)): Check |doi= value (yordam)
  11. ↑ „Deinococcus thermus“. www.bacterio.cict.fr. 2013-yil 27-yanvarda asl nusxadan arxivlangan.
  12. ↑ „A general method of site-specific mutagenesis using a modification of the Thermus aquaticus“. Anal Biochem. 180-jild, № 1. 1989. 147–151-bet. doi:10.1016/0003-2697 (89)90103-6. PMID 2530914. ((cite magazine)): Check |doi= value (yordam)
  13. ↑ „Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: Divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance“. BMC Evol. Biol. 5-jild. 2005. 57-bet. doi:10.1186/1471-2148-5-57. PMC 1274311. PMID 16242020.
  14. ↑ name="pmid18076002">„Identification of signature proteins that are distinctive of the Deinococcus–Thermus phylum“ (PDF). Int. Microbiol. 10-jild, № 3. 2007-yil sentabr. 201–8-bet. PMID 18076002. 2011-06-14da asl nusxadan (PDF) arxivlandi. ((cite magazine)): sana kiritilishi kerak boʻlgan parametrga berilgan qiymatni tekshirish lozim: |date= (yordam)
  15. ↑ „Identification of distinctive molecular traits that are characteristic of the phylum "Deinococcus–Thermus" and distinguish its main constituent groups“. Syst Appl Microbiol. 39-jild, № 7. 2016. 453–463-bet. doi:10.1016/j.syapm.2016.07.003. PMID 27506333.
  16. ↑ „Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 A resolution“. Cell. 98-jild, № 6. 1999. 811–824-bet. doi:10.1016/S0092-8674 (00)81515-9. PMID 10499798. ((cite magazine)): Check |doi= value (yordam)
  17. ↑ „Analysis of Deinococcus radiodurans's transcriptional response to ionizing radiation and desiccation reveals novel proteins that contribute to extreme radioresistance“. Genetics. 168-jild, № 1. 2004. 21–23-bet. doi:10.1534/genetics.104.029249. PMC 1448114. PMID 15454524.
  18. ↑ „The LTP_01_2022“. The All-Species Living Tree Project. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
  19. ↑ „LTP_all tree in newick format“. The All-Species Living Tree Project. 4-sentabr 2022-yilda asl nusxadan arxivlangan. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
  20. ↑ „LTP_01_2022 Release Notes“. The All-Species Living Tree Project. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
  21. ↑ „GTDB release 07-RS207“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
  22. ↑ „bac120_r207.sp_labels“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
  23. ↑ „Taxon History“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
  24. ↑ J.P. Euzéby. „Deinococcota“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Qaraldi: 22-yanvar 2022-yil.
  25. ↑ Sayers. „Deinococcus-Thermus“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Qaraldi: 20-mart 2016-yil.
  26. ↑ „Microbial Genomes“.
  27. ↑ Wu, D.; Hugenholtz, P.; Mavromatis, K.; Pukall, R. D.; Dalin, E.; Ivanova, N. N.; Kunin, V.; Goodwin, L.; Wu, M. (2009). „A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea“. Nature. 462-jild, № 7276. 1056–1060-bet. Bibcode:2009Natur.462.1056W. doi:10.1038/nature08656. PMC 3073058. PMID 20033048.
Bu andozaning koʻrinishini qanday boshqarish
  1. ↑ „GTDB release 07-RS207“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 6-dekabr 2021-yil.
  2. ↑ „ar53_r207.sp_label“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2021-yil.
  3. ↑ „Taxon History“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 6-dekabr 2021-yil.
  4. ↑ Parks, DH; Chuvochina, M; Chaumeil, PA; Rinke, C; Mussig, AJ; Hugenholtz, P (2020-yil sentabr). „A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea“. Nature Biotechnology. 38-jild, № 9. 1079–1086-bet. bioRxiv 10.1101/771964. doi:10.1038/s41587-020-0501-8. PMID 32341564. S2CID 216560589. ((cite magazine)): sana kiritilishi kerak boʻlgan parametrga berilgan qiymatni tekshirish lozim: |date= (yordam)
Turkum