Die Ekkehardiner waren ein deutsches Adelsgeschlecht aus dem Thüringer Raum. Sie stellten von 985 bis zum Erlöschen des Geschlechts im Jahr 1046 die Markgrafen von Meißen.
Der Stammsitz der Ekkehardiner oder zumindest eine wichtige Burg der Familie im Saale-Unstrut-Raum befand sich auf dem westlichen Ufer der Unstrut auf dem Kapellenberg in Kleinjena (1258 Teutonica Ihene, Deutschen Ihen, Deutsch Jena genannt im Gegensatz zum gegenüber auf der anderen Unstrutseite gelegenen Großjena, früher Wendisch Jena genannt). Die Lage ihres Erbgutes und anderen Besitzes, wie an der Kuckenburg oder an der Ekkhardsburg, verband sie einerseits fest mit Thüringen, andererseits herrschten sie ab 965 als Markgrafen über die Mark Meißen und zeitweise auch über das Land Bautzen, was ihre überragende Stellung begründete. Die Bestattung von Ekkehard I. in der urbs Gene dient bis heute als Argument für deren Stammburg bei Großjena oder Kleinjena (1002 urbe, quae Geniun dicitur, 1033 urbs geni). So steht in der Reichschronik Annalista Saxo, dass sich Ekkehard 1002 in sua urbe nomine Gene in parrochia Mogontiensi in loco ubi Sala et Unstrod confluunt, sepeliri fecit (in seiner Burg namens Gene in der Parochie Mainz an der Stelle, wo Saale und Unstrut zusammenfließen, begraben ließ).
Anhand des Leitnamens Ekkehard gelangte Eduard Hlawitschka zu dem Ergebnis, die Ekkehardiner seien eine Nebenlinie der Liudolfinger gewesen: Ekkehard († wohl 30. August 954) könnte ein Sohn des 936 gefallenen Ekkehard sein, der wiederum ein Enkel des Sachsenherzogs Otto des Erlauchten war.[1] In den Schriftquellen wird jedoch keine verwandtschaftliche Beziehung erwähnt.
Gunther von Merseburg, der Sohn eines 949 erwähnten Grafen Ekkehard, war unter Otto I. im Jahre 965 zum Markgrafen von Meißen ernannt worden. Als Teilnehmer eines Italienzuges Ottos II. gegen die Sarazenen unter Emir Abu al-Qasim kam er am 13. Juli 982 in der Schlacht am Kap Colonna in Kalabrien ums Leben.
985 erhielt Ekkehard I., der Sohn Günthers, die Markgrafschaft Meißen.
Er bemühte sich nach dem Tod Ottos III. 1002 sogar um die Königswürde (siehe: Königswahl von 1002), wurde aber von der Gegenpartei im gleichen Jahr in der Pfalz Pöhlde ermordet.
König Heinrich II. setzte zunächst Ekkehards Bruder Gunzelin als Markgrafen von Meißen ein, der jedoch einen Vorstoß von Bolesław I. von Polen auf Meißen und bis an die Elster nicht verhindern konnte. Durch Anklagen seiner beiden Neffen vor dem König setzte dieser den Markgrafen 1009 jedoch ab und setzte ihn gefangen. Eine unbestätigte Sage erzählt, er habe in der Gefangenschaft den Bewohnern des Schachdorfes Ströbeck das königliche Spiel beigebracht. Nach harten Kämpfen wurden die eroberten Gebiete zurückgewonnen und Ekkehards Söhne erhielten die Erbgüter, einschließlich der Eckartsburg und der Markgrafschaft Meißen: zuerst 1009 Hermann und nach seinem Tode 1038 sein Bruder Ekkehard II.
Um 1010 hatten die Brüder unter Hermann I. ihren Sitz bei Kleinjena verlassen und am Ostufer der Saale eine „Neue Burg“ – heute Naumburg (Saale) – errichtet. Als folgenschwer erwies sich ihre Initiative, bei Almerich eine neue Saalefurt zu finden und die alte von Erfurt kommende und über Goseck weiterführende Fernstraße nach Leipzig, eine Königsstraße (Via Regia), auf das von ihnen kontrollierte Territorium rechts der Saale zu lenken und die Stadt Naumburg zu gründen. Beides sollte langfristig zum Erfolg führen. (Diese wichtige Handelsstraße stellte die Verbindung zwischen Westeuropa über Frankfurt a. M. und Erfurt mit Schlesien und Osteuropa her.)
Im Jahre 1046 starb mit Ekkehard II. das Geschlecht der Ekkehardiner aus. Diese Familie hatte einen großen Einfluss auf die Reichspolitik gehabt. Ihre Macht gründete sich auf kirchliche und Reichslehen, die sie zunehmend zu Erbgut umzuwandeln verstand. Auch zahlreiche Burgen wie die Eckartsburg auf der Finne bildeten ein unentbehrliches Gerüst ihrer Herrschaft. Im Naumburger Dom erinnern die künstlerisch hervorragenden Stifterfiguren (Ekkehard II. mit seiner Gemahlin Uta von Ballenstedt und Hermann mit seiner polnischen Ehefrau Reglindis) an die adlige Stifterfamilie.