Своё название компания берёт от имени древнегреческого бога Атланта (также называемом Атласом); логотип авиакомпании, изображаемый на хвосте самолётов, показывает могучего человека, держащего на плечах земной шар.
23 февраля 2019 года Boeing 767-300ER Atlas Air, выполнявший грузоперевозки для Amazon Air, потерпел катастрофу на подходе к аэропорту Хьюстона. На борту находились 3 членов экипажа, все они погибли[2].
24 января 2005 года: рейс 8995 Atlas Air, самолет Boeing 747-212BSF, регистрационный номер N808MC, выехал за взлетно-посадочную полосу в аэропорту Дюссельдорфа из-за плохого торможения, вызванного неожиданно сильным скоплением снега из-за продолжающейся метели. Самолет был списан[3].
Февраль 2010 года: Крышка части закрылков самолета Boeing 747 Atlas Air оторвалась от самолета во время посадки в Майами, Флорида. 17 мая 2010 г. произошел аналогичный инцидент, когда часть внутренних закрылков на правом крыле Atlas 747 отделилась от самолета. В мае Федеральное авиационное управление США (FAA) предложило наложить на авиакомпанию штраф в размере примерно 500 000 долларов США, заявив о ненадлежащем техническом обслуживании.
21 ноября 2013 года: пилоты Boeing 747-409LCF, эксплуатируемого Atlas Air, N780BA, по ошибке приземлились в аэропорту полковника Джеймса Джабара вместо близлежащей базы ВВС Макконнелл . На следующий день самолет был доставлен в МакКоннелл.