Baza podataka klasifikacije transportera (ili TCDB) je odobreni sistem Međunarodne unije za biohemiju i molekulsku biologiju (IUBMB), za membranske transportne proteine, uključujući ionski kanal.[1][2][3]

Klasifikacija

[uredi | uredi izvor]

Gornji nivo klasifikacije i nekoliko primjera proteina sa poznatom 3D strukturom:

1. Kanali i pore

[uredi | uredi izvor]

1.A kanali tipa α

[uredi | uredi izvor]

1.A.84 Porodica modulatora homeostaze kalcija Ca2+ (CALHM-C)

1.B. β-barelski porini i drugi proteini vanjske membrane

[uredi | uredi izvor]

1.C Toksin koji stvara pores (proteini i peptidi)

[uredi | uredi izvor]

1.D Neribosomski sintetizirani kanali

[uredi | uredi izvor]

[* 1.D.5 Porodica koja formira alameticinske ili peptaibolne kanale antibiotika

1.E Holini

[uredi | uredi izvor]

1.F Vezikulskofuzijske pore

[uredi | uredi izvor]

1.G Virusnofuzijska pora

[uredi | uredi izvor]

1.H Paraćelijski kanali

[uredi | uredi izvor]

1.I Membranski vezani kanali

[uredi | uredi izvor]

2. Elektrohemijski potencijalni transporteri

[uredi | uredi izvor]

2.A Porteri (uniporteri, simporteri, antiporteri)

[uredi | uredi izvor]

2.B Neribosomski sintetizirani porteri

[uredi | uredi izvor]

2.C Energezatori vođeni ionskim gradijentom

[uredi | uredi izvor]

3. Primarni aktivni transporteri

[uredi | uredi izvor]

3.A. Transporteri vođeni hidrolizom P-P veze

[uredi | uredi izvor]

3.B Transporteri vođeni dekarboksilacijom

[uredi | uredi izvor]

3.C Transporteri sa metiltransferom

[uredi | uredi izvor]

3.D. Oksidoredukcioni transporteri

[uredi | uredi izvor]

Oni uključuju brojne transmembranske proteine slične citohromu b, uključujući koenzim Q-citohrom c reduktazu (citohrom bc1); kompleks citohroma b6f; format dehidrogenaza, respiratorna nitrat- reduktaza; sukcinat-koenzim Q reduktaza (fumarat-reduktaza) i sukcinat-dehidrogenaza.

3.E. Transporteri vođeni apsorpcijom svjetlosti

[uredi | uredi izvor]

4. Grupni translokatori

[uredi | uredi izvor]

4.A Grupni translokatori vođeni fosfotransferom

[uredi | uredi izvor]

4.B Transporteri preuzimanja nikotinamid ribonukleozida

[uredi | uredi izvor]

4.C Acil CoA ligazom spregnuti transporteri

[uredi | uredi izvor]

4.D Polisaharid-sintaza/eksporteri

[uredi | uredi izvor]

4.E. Grupni translokatori katalizirani vakuolskim polifosfatnim polimerazom

[uredi | uredi izvor]

5. Transportni nosači elektrona

[uredi | uredi izvor]

5.A Transmembranski 2-elektronski prijenosnici

[uredi | uredi izvor]

5.B Transmembranski 1-elektronski prijenosni nosači

[uredi | uredi izvor]

8. Pomoćni faktori uključeni u transport

[uredi | uredi izvor]

8.A Pomoćni transportni proteini

[uredi | uredi izvor]

8.B Ribosomski sintetizirani proteinski/peptidni toksini koji ciljaju kanale i nosače

[uredi | uredi izvor]

8.C Neribozomski sintetizirani toksini koji ciljaju kanale i nosače

[uredi | uredi izvor]

9. Nepotpuno okarakterizirani transportni sistemi

[uredi | uredi izvor]

9.A Prepoznati transporteri nepoznatog biohemijskog mehanizma

[uredi | uredi izvor]

9.B Pretpostavljeni transportni proteini

[uredi | uredi izvor]

9.C Funkcionalno karakterizirani transporteri bez identifikovanih sekvenci

[uredi | uredi izvor]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ Saier, Milton H.; Reddy, Vamsee S.; Tamang, Dorjee G.; Västermark, Åke (januar 2014). "The Transporter Classification Database". Nucleic Acids Research. 42 (D1): D251–D258. doi:10.1093/nar/gkt1097. PMC 3964967. PMID 24225317.
  2. ^ Saier, M. H.; Yen, M. R.; Noto, K.; Tamang, D. G.; Elkan, C. (1. 1. 2009). "The Transporter Classification Database: recent advances". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D274–D278. doi:10.1093/nar/gkn862. PMC 2686586. PMID 19022853.
  3. ^ Saier, M. H.; Tran, C. V.; Barabote, R. D. (1. 1. 2006). "TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information". Nucleic Acids Research. 34 (90001): D181–D186. doi:10.1093/nar/gkj001. PMC 1334385. PMID 16381841.

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]


Šablon:Pore-formirajući toksini Šablon:Neribosomno sintetizirani kanali Šablon:Proteini vezikulskog transporta

Šablon:Neribozomski sintetizirani porteri

Šablon:Oksidoredukcijski transporteri