La Shoah en Albanie fait référence aux crimes commis contre les Juifs de Grande Albanie par les forces collaborationnistes allemandes, italiennes et albanaises lors de l'occupation italienne et allemande du pays pendant la Seconde Guerre mondiale. Tout au long de la guerre, près de 2 000 Juifs ont cherché refuge en Albanie proprement dite. La plupart de ces réfugiés ont été bien traités par la population locale, malgré le fait que le pays fut d'abord occupé successivement par l'Italie fasciste, puis par l'Allemagne nazie. Les Albanais ont souvent abrité des réfugiés juifs dans des villages de montagne et les ont transportés vers les ports de l'Adriatique d'où ils fuirent vers l'Italie. D'autres Juifs rejoignirent les mouvements de résistance dans tout le pays.
Pour les 500 Juifs vivant au Kosovo, leur histoire fut radicalement différente, et environ 40 % n'ont pas survécu à la guerre. Avec la capitulation de l'Italie en , l'Allemagne occupa la Grande Albanie. En 1944, une division albanaise de la Waffen-SS fut formée, arrêtant et remettant aux Allemands 281 Juifs Kosoviens, qui furent ensuite déportés au camp de concentration de Bergen-Belsen. Durant le mois de , les Allemands furent chassés de l'Albanie, et la résistance communiste, dirigée par Enver Hoxha, prend le pouvoir. À peu près à la même époque, les forces de l'Axe dans les régions annexées par l'Albanie du Kosovo et de la Macédoine occidentale furent vaincues par les partisans yougoslaves, qui ont ensuite réincorporé ces régions à la Yougoslavie.
Environ 600 Juifs ont été tués en Grande Albanie pendant l'Holocauste. En Albanie proprement dite, cinq Juifs de la même famille ont été tués par les Allemands, les seuls Juifs indigènes à y avoir été tués au cours de la guerre. L'Albanie proprement dite sortit de la guerre avec une population juive onze fois supérieure qu'au début, soit environ 1 800. La plupart d'entre eux ont ensuite émigré en Israël. Plusieurs centaines restèrent en Albanie jusqu'à la chute du communisme au début des années 1990 avant de faire de même. Il n'y a pas de consensus académique sur les raisons pour lesquelles les taux de survie des Juifs en Albanie proprement dite différaient si radicalement de ceux du Kosovo. Certains chercheurs ont soutenu que le code d'honneur traditionnel connu sous le nom de besa, une partie importante de la culture albanaise proprement dite, a joué un rôle. D'autres universitaires ont suggéré que la cause était la relative clémence des autorités d'occupation italiennes, l'échec de l'Allemagne dans une recherche soigneuse des Juifs albanais par rapport à d'autres pays occupés, ainsi que la méfiance des Albanais Kosoviens envers les étrangers. En 2018, 75 citoyens albanais avaient été reconnus par Yad Vashem comme Justes parmi les nations.
