Alomar firmò il 16 febbraio 1985, come free agent, con i San Diego Padres. Debuttò nella MLB il 22 aprile 1988, al Jack Murphy Stadium di San Diego contro gli Houston Astros. Nel corso della sua carriera, fu convocato dieci volte per l'All-Star Game, vinse per dieci volte il Guanto d'oro (un record per un giocatore nel ruolo di seconda base) e per quattro volte il Silver Slugger Award, questo il terzo risultato di tutti i tempi per una seconda base. Giocò la sua ultima partita in Major League il 5 settembre 2004. Sottoscrisse un contratto con i Tampa Bay Devil Rays il 20 gennaio 2005, ma il 19 marzo prima dell'inizio della stagione annunciò il ritiro.
Il 5 gennaio 2011 fu introdotto nella Baseball Hall of Fame, al suo secondo anno di eleggibilità[1]. Divenne il primo Hall of Famer ad esservi introdotto come membro dei Toronto Blue Jays, la squadra con cui vinse due World Series consecutive, nel 1992 e 1993 e che ha ritirato il suo numero 12[2].
2 Manuel Lee ·4 Alfredo Griffin ·9 John Olerud ·10 Pat Borders (World Series MVP) ·11 David Cone ·12 Roberto Alomar (ALCS MVP) ·14 Derek Bell ·15 Pat Tabler ·17 Kelly Gruber ·22 Jimmy Key ·23 Candy Maldonado ·24 Turner Ward ·25 Devon White ·29 Joe Carter ·30 Todd Stottlemyre ·31 Duane Ward ·32 Dave Winfield ·33 Ed Sprague Jr. ·36 David Wells ·40 Mike Timlin ·47 Jack Morris ·48 Mark Eichhorn ·50 Tom Henke ·66 Juan Guzmán Manager: 43 Cito Gaston
1 Tony Fernández ·2 Rob Butler ·4 Alfredo Griffin ·9 John Olerud ·10 Pat Borders ·12 Roberto Alomar ·16 Turner Ward ·19 Paul Molitor (World Series MVP) ·21 Willie Cañate ·24 Rickey Henderson ·25 Devon White ·27 Randy Knorr ·28 Al Leiter ·29 Joe Carter ·30 Todd Stottlemyre ·31 Duane Ward ·33 Ed Sprague Jr. ·34 Dave Stewart (ALCS MVP) ·40 Mike Timlin ·41 Pat Hentgen ·44 Scott Brow ·47 Jack Morris ·48 Mark Eichhorn ·49 Tony Castillo ·50 Danny Cox ·66 Juan Guzmán Manager: 43 Cito Gaston