Nato da una famiglia del clero "unitario", Ware ricevette la sua istruzione professionale alla Milton Academy nell'Harvard College e nella Lawrence Scientific School di Harvard. Nel 1859 cominciò a lavorare per Richard Morris Hunt, fondatore della prima scuola di architettura americana e dell'AIA. Subito dopo Ware formò un'associazione con l'ingegnere civile Edward S. Philbrick, la Philbrick and Ware; con lui progettò la Swedenborgian Hight Street Church a Brookline (Massachusetts).
Opere della Ware & Van Brunt
Nel 1864 Ware si mise in società con il laureato ad Harvard Henry Van Brunt per formare la Ware & Van Brunt.
Questa una lista delle loro opere principali.
1867 — Ether Monument, nei Boston Public Garden, con lo scultore J.Q.A. Ward
1867 — First Church, Boston, Massachusetts
1868 — La Memorial Chapel di St. John nella Episcopal Divinity School, Cambridge, Massachusetts City of Cambridge, su cambridgema.gov (archiviato dall'url originale il 2 dicembre 2008).
1869 — Adams Academy, ora il Quincy Historical Society, Quincy, Massachusetts
1870 — Memorial Hall (Harvard University), Cambridge, Massachusetts, continuamente ridisegnato fino al 1897
1870 — Aumento alla Harvard Hall, Harvard University, Cambridge, Massachusetts