Ada tiga teori Otak-otak iaitu dibuat oleh masyarakat Muar , Peranakan dan Sumatera tetapi teori paling tepat di Muar[6]. Nama Otak-otak diberi oleh masyarakat nelayan di Muar kerana secara ciri-ciri fizikal yang berwarna merah , bentuk kotak dan tekstur seperti otak .
Otak-otak berasal daripada Muar iaitu daerah di negeri Johor , sepanjang persisir Sungai Muar terdapat tumbuhan liar iaitu pokok nipah yang daunnya sesuai dibakar untuk dijadikan sebagai juadah . Nelayan Muar tidak mahu membazirkan sisa ikan yang di jual antaranya ikan tenggiri , tongkol dan udang kerana contoh hasil laut ini mempunyai kadar harga yang tinggi bagi masyarakat marhaen dengan situasi itu mereka mendapat idea untuk menjadikan hasil laut itu sebagai makanan sampingan , kisah ini hampir sama dengan kisah Sata di Terengganu.
Otak-otak dihasilkan dari isi ikan (biasanya tenggiri) yang digaulkan dengan campuran berempah termasuk lada, bawang putih, bawang merah, kunyit, serai dan santan. Campuran ini dibungkus dalam daun kelapa dan dibakar atau dikukus. Sekiranya di dibungkus dalam daun pisang, ia dikenali sebagai pais.
Sungguhpun otak-otak ikan paling biasa, terdapat juga otak-otak yang diperbuat daripada udang, menghasilkan tekstur yang lebih pelbagai. Di Muar, terdapat juga otak-otak dari sotong, kepala ikan dan juga ayam.
Pelbagai menurut daerah
Terdapat pelbagai jenis otak-otak yang terdapat di daerah berlainan. Otak-otak nyonya, berasal dari Peranakan, terdapat di negeri utara Malaysia, Pulau Pinang, dikukus dalam daun pandan. Bagaimanapun, otak-otak di sebelah pantai timur dan selatan Malaysia dan di Singapura di balut sebagai kepingan kecil dalam daun kelapa atau pisang dan dipanggang (versi Singapura biasanya dipanggang dalam daun pandan). Ia menghasilkan otak-otak yang lebih kuning bata, lebih kering dengan bau asap ikan. Variti otak-otak berlainan wujud, termasuk versi bewarna putih, tanpa berempah.
Sungguhpun secara tradisi otak-otak dihasilkan menggunakan isi ikan, versi moden turut menggunakan isi ketam dan udang. Selain itu, versi moden turut menggunakan isi ikan yang dihancurkan dan dicampur dengan bahan tambahan seperti tepong kanji yang menjadikan isinya bergetah.
Jenis lain otak-otak termasuk hidangan yang dikenali sebagai pais ikan dan satar yang dihasilkan dari pasta ikan yang dimasak dalam bungkusan daun pisang.
