Fondata nel 1933 e rifondata nel 1952, alla fine del campionato di Eccellenza 1999-2000 acquisisce il titolo sportivo del Bessica vincitrice del girone garantendosi l'accesso in Serie D (era giunta al 7º posto).
Nell'estate del 2016, dopo essere tornata la prima squadra calcistica di San Martino di Lupari[1], la società viene reintegrata in Prima Categoria[2]. Il 26 marzo 2017, dopo sette stagione in Prima categoria, ottiene la matematica promozione al campionato di Promozione[3]. Successivamente, dopo aver ottenuto la promozione in Eccellenza, al termine della stagione 2018-2019, torna a disputare un campionato nazionale (Serie D), dopo 17 anni dall'ultima partecipazione.
1948-1949 - 1º nel girone E della Promozione. Promossa in Serie C.
1949-1950 - 16º nel girone B di Serie C. Retrocessa in Promozione dopo gli spareggi: a Portogruaro, 2 luglio 1950, Luparense-Pro Gorizia 1-1; a Portogruaro, 9 luglio 1950, Pro Gorizia-Mestrina 1-1; a Vicenza, 16 luglio 1950, Mestrina-Luparense 2-0.
2001-2002 - 17º nel girone C della Serie D. Retrocessa in Eccellenza Veneto.
2002-2003 - 16º nel girone B dell'Eccellenza Veneto. Retrocessa in Promozione.
2003-2004 - 5º nel girone B della Promozione Veneto.
2004-2005 - 5º nel girone B della Promozione Veneto. Eliminato dalla Marosticense al 1º turno dei play-off (0-2).
2005-2006 - 16º nel girone B della Promozione Veneto. Retrocessa in Prima Categoria.
2006-2007 - 13º nel girone F della Prima Categoria Veneto.
2007-2008 - 3º nel girone F della Prima Categoria Veneto. Promossa in Promozione.
2008-2009 - 4º nel girone D della Promozione Veneto.
2009-2010 - 16º nel girone C della Promozione Veneto. Retrocessa in Prima Categoria.
2010-2011 - 8º nel girone F della Prima Categoria Veneto.
2011-2012 - 4º nel girone F della Prima Categoria Veneto. Eliminato dal Virtus Cassola al 2º turno dei play-off (1-2).
2012-2013 - 3º nel girone F della Prima Categoria Veneto.
2013-2014 - 7º nel girone F della Prima Categoria Veneto.
2014-2015 - 4º nel girone F della Prima Categoria Veneto. Eliminato dal Vedelago al 1º turno dei play-off (0-2).
2015 - Dopo la fusione con la Luparense Calcio a 5, cambia nome in Luparense F.C. e s'iscrive alla Prima Categoria come squadra B della Luparense San Paolo.
2015-2016 - 16º nel girone F della Prima Categoria Veneto. Retrocessa in Seconda Categoria e successivamente reintegrato in Prima Categoria.
2016 - La società cambia nome in San Martino Luparense.
2016-2017 - 1º nel girone F della Prima Categoria Veneto. Promossa in Promozione.
2017-2018 - 1º nel girone C della Promozione. Promossa in Eccellenza.
2018-2019 - La società si rinomina Luparense F.C.. 1º nel girone B dell'Eccellenza. Promossa in Serie D.
Dopo che, il 22 giugno 2015, l'"Atletico San Paolo Padova S.S.D.a.R.L." ha cambiato la denominazione in Luparense San Paolo Football Club con il trasferimento del titolo sportivo a San Martino di Lupari, la Luparense San Paolo diventa la prima squadra calcistica cittadina, in Serie D. Nel giugno del 2016 il patron Stefano Zarattini, cede il pacchetto di maggioranza della Luparense San Paolo[4], cedendo il titolo sportivo del San Paolo alla Vigontina[5].
Divenuta parte della polisportiva Luparense Football Club nel 2015, nel 2018, il presidente Zarattini, lascia ogni impegno con la società, facendola fuoriuscire dalla polisportiva.