Figlio del regista John Huston e dell'autrice Zoe Sallis, inizia la carriera sulle orme del padre come regista di un paio di film di scarso successo, tra cui Mr. North (1988), e di alcuni programmi televisivi, ma ben presto si dedica solo alla carriera di attore. Il suo esordio avviene nel 1995 in un piccolo ruolo in Via da Las Vegas, film che vale l'Oscar a Nicolas Cage. Nel 2000 è l'agente delle star Ivan Beckman nel film Ivansxtc di Bernard Rose, nel 2001 è Kalman in Eden, ma si fa notare nel 2003 interpretando Michael in 21 grammi.
Nelle versioni in italiano delle opere in cui ha recitato, Danny Huston è stato doppiato da:
Angelo Maggi in Birth - Io sono Sean, The Aviator, The Constant Gardener - La cospirazione, I figli degli uomini, Number 23, X-Men le origini - Wolverine, Robin Hood, The Warrior's Way, Attacco al potere 3 - Angel Has Fallen
Stefano De Sando in Star System - Se non ci sei non esisti, Tradire è un'arte - Boogie Woogie, Hitchcock, Big Eyes, Frankenstein, Io, Stanlio & Ollio, Arrivederci professore, Yellowstone
Massimo Corvo in The Congress, Masters of Sex, Game Night - Indovina chi muore stasera?