La cerimonia di premiazione della 21ª edizione degli Independent Spirit Awards si è svolta il 4 marzo 2006[1] sulla spiaggia di Santa Monica, California ed è stata presentata da Sarah Silverman. Naomi Watts è stata il presidente onorario.[2]
I vincitori sono indicati in grassetto, a seguire gli altri candidati.
- Garrett Scott e Ian Olds - Occupation: Dreamland - Viaggio organizzato in Iraq (Occupation: Dreamland)
- Rachel Boynton - Our Brand Is Crisis
- Mark Becker - Romántico
- Thomas Allen Harris - Twelve Disciples of Nelson Mandela
- Ian Gamazon e Neill Dela Llana - Cavite
- Robinson Devor - Police Beat
- Jay Duplass - The Puffy Chair